vmd中如何进行镜像的平移

ZhuQaing · 发表于 Post on 2016-4-10 14:29:29

vmd中对于周期性的盒子，想进行周期的平移复制总共显示出27个盒子，将这些盒子拼成一个大的pdb，再对其进行切割
主要是，目前周期性盒子边界上的分子周围几埃的水无法显示，想通过一定的方法，将镜像中的水也选中。具体如附图

kunkun · 发表于 Post on 2016-4-10 14:37:10

Graphical representation--》periodic +x -x +y -y +z -z
就能显示所有盒子了。

ZhuQaing · 发表于 Post on 2016-4-10 15:18:50

kunkun 发表于 2016-4-10 14:37
Graphical representation--》periodic +x -x +y -y +z -z
就能显示所有盒子了。

这个我知道，但是想要将其都保存为pdb就不行了，只是显示，但是实质上并没有任何的改变

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-10 19:00:34

可以用gromacs里的genconf来把某个体系平移/复制，比如genconf -f a.pdb -o b.pdb -nbox a b c代表把a.pdb向三个方向平移复制a/b/c次（默认为1，保持原样）

烈火雄心 · 发表于 Post on 2016-4-11 08:25:20

vmd 里面 pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0.0 -0.1 0.0}
pbc box -shiftcenterrel {0.0 -0.1 0.0}
可以调整

blueyangliu · 发表于 Post on 2023-10-11 12:59:02

烈火雄心发表于 2016-4-11 08:25
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pbc set 设置盒子时默认以电荷中心为零点起始位置，分子就不完整了，请问有什么命令设置盒子起始位置吗

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[VMD] vmd中如何进行镜像的平移