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[Gaussian/gview] 关于计算大体系结构问题(石墨烯吸附)

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发表于 Post on 2022-6-2 17:37:55 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
这个结构放在老的工作站跑了7天了。中间用GV查看发现最大位移一直不能收敛,且结构自从过了20帧以后,下一帧与上一帧的结构只有轻微的位移变化。但是一直没收敛。
我的问题是:目前我们实验做完了,与导师沟通,我老师的意思是确定分子官能团和GO上N基团是否有作用以及相互作用是什么类型就行了,我们是实验为主计算为辅。那这样的话,我想请问下大家:有没有快速定性的方法。当前这个速度太慢了。
这是我计算条件:
%mem=100GB
%nprocshared=40
%chk=G:\GO_N_PFOA.chk
# opt freq ub3lyp/gen scrf=(solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

-1 2


1-201
6-311g*
****
202-204
6-311+g**
****

@KCCXRD9F]HM`[V%ZOK]$KU.png
{59QKRTP0J$QR2I8I)ZQ8ZD.png
[N4Z1YVE_S7WR$0OWCPP9Q7.png

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发表于 Post on 2022-6-2 20:01:22 | 显示全部楼层 Show all
优化用2-zeta的基组就行,换6-31G*和6-31+G*。另外对这么大共轭体系最好不要用B3LYP-D3(BJ),用ωB97X-D更好一些,虽然会慢大约40%。有一两天应该能算完。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-2 22:55:22 | 显示全部楼层 Show all
snljty2 发表于 2022-6-2 20:01
优化用2-zeta的基组就行,换6-31G*和6-31+G*。另外对这么大共轭体系最好不要用B3LYP-D3(BJ),用ωB97X-D更 ...

谢谢大佬,祝你发几篇Nature

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发表于 Post on 2022-6-3 02:58:11 | 显示全部楼层 Show all
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算?从你的图上来看,左边的一半都和PFOA分子没有作用

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发表于 Post on 2022-6-3 04:25:46 | 显示全部楼层 Show all
agent99 发表于 2022-6-3 02:58
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算?从你的图上来看,左边的一半都和PFOA分子没有作用

左边完全可以简化

一些很不重要的区域的碳原子,用6-31G代替6-31G*也可以接受

这么大体系,核这么多的CPU,绝对甭用Windows版,下文明确说了。用Linux能快N倍
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
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发表于 Post on 2022-6-3 04:45:48 | 显示全部楼层 Show all
要求不高的话,先用xTB拿个定性正确的数据没压力。这个体系,xTB应该不到一个小时就结束了吧。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 10:33:43 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 段家康 于 2022-6-3 17:56 编辑
flyingchow 发表于 2022-6-3 04:45
要求不高的话,先用xTB拿个定性正确的数据没压力。这个体系,xTB应该不到一个小时就结束了吧。

我看文献几乎都是gaussian算的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 10:39:48 | 显示全部楼层 Show all
agent99 发表于 2022-6-3 02:58
GO的模型是否可以缩小一些来加快计算?从你的图上来看,左边的一半都和PFOA分子没有作用

谢谢大佬的提议。我也感觉太大了,我是看卢老师那篇吸附文章,构建的GO,看来还得缩小一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 10:43:25 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-6-3 04:25
左边完全可以简化

一些很不重要的区域的碳原子,用6-31G代替6-31G*也可以接受

谢谢卢老师的指导!!您这片博文我之前看过,对我这种小白太友好了
之前是图windows操作界面方便,shell脚本语言太麻烦了。看来现在也不得不换了。

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发表于 Post on 2022-6-3 11:37:37 | 显示全部楼层 Show all
段家康 发表于 2022-6-3 10:43
谢谢卢老师的指导!!您这片博文我之前看过,对我这种小白太友好了
之前是图windows操作界面方便,shell ...

shell哪里麻烦了,感觉比Windows的图形界面点来点去方便多了...而且比cmd不知道高到哪里去了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 12:52:45 | 显示全部楼层 Show all
PS:本人课题组也买了不少Material、Vasp的课,感觉根本听不懂,甚至没有sob老师文章说的通俗。我下次课一定得报

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发表于 Post on 2022-6-3 17:38:27 | 显示全部楼层 Show all
段家康 发表于 2022-6-3 03:33
XTB的数据可以水文章吗, 我看文献几乎都是gaussian算的

如果你的目的是“水”文章,那趁早别做科研。问题不是这么问的。

如果投特别差的期刊,不管怎么算都可以发。
如果抱着水文章的目的,又投的是好期刊,那么不管怎么算都发不了。
如果抱着解决科学问题的目的,而且使用正确的软件解决正确的问题,那么用什么软件都可以发,哪怕再小众的软件都可以发。何况xtb并不小众,看http://sobereva.com/599,国内xtb用户数有高斯用户数的1/5左右。只不过个别小领域里可能都是比较守旧的人,如果你在这样的小领域里,有可能对小领域外的人用什么软件了解得不是很准确。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-3 18:33:40 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-6-3 17:38
如果你的目的是“水”文章,那趁早别做科研。问题不是这么问的。

如果投特别差的期刊,不管怎么算都可 ...

非常感谢老师的即时指正!确实是我用词不准,表述的有问题。低情商用词真是我头疼的问题,但我本意是想保证数据准确的同时,能快速且科学的解决问题,绝对没有糊弄的意思。
对于科研,我的态度一直都是:如果能通过自己努力能解决自己所在领域的一个微小问题,那都将会是一件非常棒的事情。

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发表于 Post on 2022-6-4 04:34:38 | 显示全部楼层 Show all
段家康 发表于 2022-6-3 18:33
非常感谢老师的即时指正!确实是我用词不准,表述的有问题。低情商用词真是我头疼的问题,但我本意是想保 ...

xTB对于全是主族元素的体系,上千个原子都毫无压力,而且结果其实还可以的,尤其适合用于预优化。算吸附能这种也肯定是定性正确的,xTB自带dispersion correction。
而且xTB还可以导出localized molecular orbital(LMO)的数据,用xtb-IFF做一个EDA,有时候也能说明一些问题的。
https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4991798?cookieSet=1

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发表于 Post on 2022-6-4 05:57:27 | 显示全部楼层 Show all
段家康 发表于 2022-6-3 12:52
PS:本人课题组也买了不少Material、Vasp的课,感觉根本听不懂,甚至没有sob老师文章说的通俗。我下次课一定 ...

我写的博文都是贴合着读者相关常识底限去写的
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