[分子对接] 不同pH条件下（质子化）蛋白-小分子进行分子对接如何操作

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小僧能忍

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发表于 Post on 2022-6-5 21:16:07 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位朋友，要进行不同pH值条件下的蛋白-小分子对接，我先用H++进行设置pH值，下载pdb文件，然后导入WHAT IF WEB INTERFACE进行蛋白Prepare PDB file for docking programs，这样的pdb文件直接进行Autodock的加氢、电荷计算等步骤进行对接可以么，还是需要进行pdb文件的改写如（HID， HIE，或者HIP）？

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