跑完Molclus后成功输出了isomers.xyz文件但是打开后里边是空的

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 10:12:00

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 11:06 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
您们好！
我把traj.xyz，template.gjf, 和settings.ini这3个输入文件放在Molclus.exe所在目录下后，点击Molclus.exe开始运行后，Molclus.exe所在目录产生了包括isomers.xyz在内的9个输出文件，但是当我打开isomers.xyz文件时发现里边是空的。由于论坛上传文件大小有限，所以我把3个输入文件+9个输出文件总共12个文件我放在百度网盘里了，链接为：https://pan.baidu.com/s/1BBT1FD_kdrHkRgkDncqAXQ(提取码：1111)。大家可以帮忙分析下原因吗？谢谢啦！

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-6 10:29:32

http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 10:36:25

牧生发表于 2022-6-6 10:29
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

啊？好吧。。我才发现我以前发的帖子前边都有求助的标签，我返回去都改正一下，不好意思啊老师~

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-6-6 10:50:57

没有正常结束的任务不会写入isomers.xyz里，如果仍需要计算的输出文件，可以把settings.ini里的ibkout改成1

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-6 11:02:15

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 11:07:13

牧生发表于 2022-6-6 11:02

不好意思老师，我重新修正了百度网盘链接，并附上了提取码，谢谢老师～

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-6 11:10:33

运行状态在molclus的输出信息里会给出明确的提示，看里面的内容判断原因，判断不了就把molclus窗口里的所有内容复制到一个文本文件里上传。

传Gaussian的临时文件诸如rwf、d2e那些没有任何用处。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 11:12:45

wudiazhu 发表于 2022-6-6 10:50
没有正常结束的任务不会写入isomers.xyz里，如果仍需要计算的输出文件，可以把settings.ini里的ibkout改成1

Sober老师帖子里对ibkout的注释为："ibkout：1=每处理完一帧结构，把程序的输出文件备份，以便之后检查或根据自己的需要提取其它数据。比如对于第5帧结构，Gaussian的输出文件会备份到gau00005.out，ORCA的会备份到orca00005.out，MOPAC的会备份到MOPAC00005.arc；0=不做备份，因此molclus运行完毕后将找不到计算程序中间输出的文件；2=只备份成功的任务；3=只备份失败的任务"。
我在想即使把settings.ini里的ibkout改成1后，因此得到了计算的输出文件也是不完美的吧，毕竟没有正常结束的任务肯定是哪里出了问题，最根本的还是要排查问题解决问题吧？

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 11:25:53

sobereva 发表于 2022-6-6 11:10
运行状态在molclus的输出信息里会给出明确的提示，看里面的内容判断原因，判断不了就把molclus窗口里的所有 ...

明白了老师，我把Molclus窗口里的所有内容都复制粘贴进了一个txt文档里，并放在了附件里供您查阅，您帮忙分析一下，谢谢啦～

wudiazhu · 发表于 Post on 2022-6-6 14:55:59

ReviewReview 发表于 2022-6-6 11:12
Sober老师帖子里对ibkout的注释为："ibkout：1=每处理完一帧结构，把程序的输出文件备份，以便之后检查或 ...

就是要看高斯的out输出文件看下是哪里出现了问题。看了你的体系，有一个带很多氟原子的分子，两个分子的原子数都不大，如果是我的话，更倾向于先分析一下静电势，看哪些地方更易结合，依化学常识也能看出来，这样可以省去很多不必要的步骤。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 15:50:25

sobereva 发表于 2022-6-6 11:10
运行状态在molclus的输出信息里会给出明确的提示，看里面的内容判断原因，判断不了就把molclus窗口里的所有 ...

看了Molclus窗口信息，让我检查是否省略了Opt关键词或者是否template.gjf文件有问题？我检查下template.gjf文件没有省略Opt啊，并且template.gjf文件也让一个专门做计算的师妹帮忙检查了下她说没啥毛病啊。。。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-6 15:54:31

wudiazhu 发表于 2022-6-6 14:55
就是要看高斯的out输出文件看下是哪里出现了问题。看了你的体系，有一个带很多氟原子的分子，两个分子的 ...

嗯嗯，谢谢您啊，我开始也这么试过，但是自己根据ESP结果手动摆出多种构型总觉得有主观因素在里边，还是觉得Molclus的构象搜索更硬核一些。。。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-7 08:16:26

ReviewReview 发表于 2022-6-6 11:25
明白了老师，我把Molclus窗口里的所有内容都复制粘贴进了一个txt文档里，并放在了附件里供您查阅，您帮忙 ...

提示得很明确了：
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to certain reason, e.g. SCF unconvergence, three atoms are lying in the same line

设ibkout=1，这个失败的任务的输出文件就会被备份，自己用gview之类打开，监控一下收敛趋势，就知道是不是优化没收敛。或者从输出文件末尾自己看报错理解计算失败的原因，看不懂就上传备份的out文件

PS：让molclus调用Gaussian计算要有点最基本的Gaussian使用常识。molclus做的事情非常透明，用的什么命令调用Gaussian在屏幕上也提示得清清楚楚，只要有点Gaussian常识性知识自然自己看Gaussian输出文件就能判断是什么导致的问题。如果一点常识都没有的话，最好系统性学学，要不然很多特别常见的简单问题都没法自己解决，还容易因为缺乏相关知识导致事倍功半
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-7 09:19:34

sobereva 发表于 2022-6-7 08:16
提示得很明确了：
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to c ...

嗯嗯，谢谢老师~

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