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[GROMACS] 径向数密度分布统计问题

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老师您好,参考您在讲义里提到的对于小液滴的进项密度分布的统计,我现在自己也搭建了一个含有液滴的盒子,我看您在脚本里写的盒子中心是(50,50,50),我想请问如何确定我自己搭建的这个体系的中心呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-8 08:14:28 | 只看该作者 Only view this author
pbc set {...} -all
pbc wrap -all
然后measure minmax [atomselect top all] 就可以得到盒子的尺寸了,自己再手动算一下中心点就行
自由发挥,野蛮生长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-8 15:57:06 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2022-6-8 08:14
pbc set {...} -all
pbc wrap -all
然后measure minmax [atomselect top all] 就可以得到盒子的尺寸了, ...

谢谢老师,老师我在tk控制台输入了您这三行脚本之后显示的{9998,9998, 9998}是盒子的大小吗?还有请问老师前面的{7.19, 0.25, 0.37} 是什么意思,谢谢老师                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            

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发表于 Post on 2022-6-8 23:14:38 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2022-6-8 15:57
谢谢老师,老师我在tk控制台输入了您这三行脚本之后显示的{9998,9998, 9998}是盒子的大小吗?还有请问老 ...

第一个pbc set {...} -all中的...是让你自己填的内容,是盒子的三个边长h k l和角度α β γ
比如pbc set {10 10 10 90 90 90} -all
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