计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3491|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA计算单点能报错,内存不足

[复制链接 Copy URL]

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

本帖最后由 sai77 于 2022-6-9 08:12 编辑

用服务器提交了两个单点能任务,
RI-PWPB95-D3/def2-TZVPP
%maxcore  2000
%pal nprocs   15

跑了两个小时后报错
Error (ORCA/RI-TRAFO): Not enough memory in RI-Trafo (need 1322.45572662354 MB)

服务器112核,192G内存,同时在跑的高斯任务占用了60核/80G内存。
按理说空闲的资源完全够跑上面的任务啊,怎么一直报错呢?从昨天开始尝试了2000*20,1000*20(内存*核数),全都报错内存不足。
请问下ORCA任务到底该给多少资源合适?总是报错太浪费时间了


输出文件见附件,核数改成10,内存2000,还是同样的地方报错...

TS-R.out

203.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 34

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-6-8 14:12:39 | 只看该作者 Only view this author
上传输出文件别人才好判断
光这么描述很容易遗漏关键性细节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

516

帖子

1

威望

5052

eV
积分
5588

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2022-6-8 16:03:43 | 只看该作者 Only view this author
先把高斯的任务停掉试试吧

137

帖子

0

威望

3124

eV
积分
3261

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2022-6-8 16:28:30 | 只看该作者 Only view this author
还剩112G的话怎么着也得给5000*20吧,还不够就得10000*10。跑了2h才跑完SCF看上去不是什么小体系,MP2内存不够用也很正常

356

帖子

0

威望

1919

eV
积分
2275

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2022-6-8 17:24:35 | 只看该作者 Only view this author
1322.45572662354 MB

怎么会有这么多小数,最后的0.62354 Byte是怎么回事

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18151

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-6-8 18:05:26 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-6-8 10:24
1322.45572662354 MB

怎么会有这么多小数,最后的0.62354 Byte是怎么回事

1MB是1048576字节,不是1000000字节,所以除出这么多位小数也正常。
不过确实这个地方有效数字给得太多了。。。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 08:12:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-8 14:12
上传输出文件别人才好判断
光这么描述很容易遗漏关键性细节

更新了输出文件,请sob老师帮忙看下,谢谢!

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 08:23:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sai77 于 2022-6-9 08:26 编辑
RAL 发表于 2022-6-8 16:28
还剩112G的话怎么着也得给5000*20吧,还不够就得10000*10。跑了2h才跑完SCF看上去不是什么小体系,MP2内存 ...

同时提交了两个任务,5000*20肯定要报错的吧
我把内存设到4000再试试,感觉是单核内存不足造成的
orca这资源管理比高斯差太多了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-6-9 08:24:12 | 只看该作者 Only view this author
这么大体系耗内存肯定厉害
2000太少,加到至少4000,把机子剩余物理内存能用的都用上,闲着白白浪费,多分配点还能降低耗时
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 08:38:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-9 08:24
这么大体系耗内存肯定厉害
2000太少,加到至少4000,把机子剩余物理内存能用的都用上,闲着白白浪费,多分 ...

收到,改成4000又提交了
不过我之前也算过类似的结构,2000*20是可以正常运行的,这次原子数目就多了9个,死活算不了

312

帖子

2

威望

2302

eV
积分
2654

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2022-6-9 14:19:21 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-9 08:38
收到,改成4000又提交了
不过我之前也算过类似的结构,2000*20是可以正常运行的,这次原子数目就多了9个 ...

我现在再算的200个原子体系,10000*15

149

帖子

0

威望

1875

eV
积分
2024

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2022-6-9 14:40:18 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-9 08:38
收到,改成4000又提交了
不过我之前也算过类似的结构,2000*20是可以正常运行的,这次原子数目就多了9个 ...

就是刚好卡在这个点,内存超了

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-9 15:28:35 | 只看该作者 Only view this author
PoorChaos 发表于 2022-6-9 14:40
就是刚好卡在这个点,内存超了

Maximum memory used throughout the entire MP2-calculation: 2104.4 MB
Maximum memory used throughout the entire MP2-calculation: 4028.8 MB
多了9个原子,内存需求直接翻倍了

149

帖子

0

威望

1875

eV
积分
2024

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2022-6-9 16:08:40 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-6-9 15:28
Maximum memory used throughout the entire MP2-calculation: 2104.4 MB
Maximum memory used througho ...

MP2太耗内存

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 02:47 , Processed in 0.300058 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list