Molclus跑100个构象成功了52个失败了48个，我可以把失败的那48个直接抛弃掉不管吗？

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wzkchem5 发表于 2022-6-9 21:18
如果不加cartesian，结果如何？cartesian也是大部分时候反而让迭代次数增加，只有少部分情况下是有益的， ...

最开始没加cartesian，然后Molclus窗口提示说三个原子共线，然后带我的师妹就说关键词"opt=cartesian"可以解决该问题，然后我就加了cartesian重跑的Molclus。

sobereva

我建议，你先手动用Gaussian优化一些分子团簇体系（比如乙醇和丙氨酸的二聚体），稍微积累点这类体系的计算经验，碰到问题多去搜论坛过往的帖子，而且这些文章都应当先好好看看：
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

你最近问的一多半molclus使用问题其实纯粹是缺乏Gaussian计算分子复合物体系的常识，有这些常识自然就能顺利用molclus

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sobereva 发表于 2022-6-10 07:16
我建议，你先手动用Gaussian优化一些分子团簇体系（比如乙醇和丙氨酸的二聚体），稍微积累点这类体系的计算 ...

哦哦，谢谢Sober老师指点，我这就按您的意思去学习。