做膜结构的分子动力学模拟，无法用pdb2gmx产生gro文件，能自己手动构建吗？

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-10 22:48:55

用genmixmem.exe生成mixmem.pdb文件后，想用pdb2gmx程序生成gro和top文件，但发现pdb2gmx针对的对象是氨基酸，膜结构的需要更改一些参数，在力场目录下的lipids.rtp中修改了残基的名称，仍然出问题。top文件可以参考生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)自己写，那膜结构的gro文件是做模拟必须有的吗？如果必须有，能自己写吗？格式又是怎样的呢？望大佬能指点迷津。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-6-10 22:52:51

不一定要gro啊，用pdb也可以

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-10 22:54:39

只要有top文件和pdb文件就行了吗？

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-6-11 01:02:22

free3hao 发表于 2022-6-10 22:54
只要有top文件和pdb文件就行了吗？

只要有top文件和对应的gro文件就可以模拟，当然一般比较困难的都卡在产生top上。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-6-11 01:14:38

对于解决你的问题我有两个思路：
1.字写脚本读取PDB的内容并转化为gro，这里有个技术要点就是你的磷脂的原子名pdb和gro中应当是对应的，但蛋白质并不一定是这样，可能需要你把蛋白部分先pdb2gmx生成一个蛋白.gro，从蛋白.gro和磷脂.pdb中读取信息。
2.在力场中的rtp,hdb等文件中补充有关磷脂膜的信息，使得可以被pdb2gmx识别，参考gromos54a7的DPPC例子

[ DPPC ]
[ atoms ]
  C33 CH3p 0.40000    0
  C34 CH3p 0.40000    0
  C35 CH3p 0.40000    0
N NL -0.50000    0
  C32 CH2    0.30000    0
  C31 CH2    0.40000    1
  O32 OA -0.80000    1
P    P    1.70000    1
  O33 OM -0.80000    1
  O34 OM -0.80000    1
  O31 OA -0.70000    1
C3 CH2    0.40000    2
C2 CH1    0.30000    2
  O21 OE -0.70000    2
  C21    C    0.70000    2
  O22    O -0.70000    2
  C22 CH2    0.00000    3
  C23 CH2    0.00000    4
  C24 CH2    0.00000    5
  C25 CH2    0.00000    6
  C26 CH2    0.00000    7
  C27 CH2    0.00000    8
  C28 CH2    0.00000    9
  C29 CH2    0.00000 10
C210 CH2    0.00000 11
C211 CH2    0.00000 12
C212 CH2    0.00000 13
C213 CH2    0.00000 14
C214 CH2    0.00000 15
C215 CH2    0.00000 16
C216 CH3    0.00000 17
C1 CH2    0.50000 18
  O11 OE -0.70000 18
  C11    C    0.80000 18
  O12    O -0.60000 18
  C12 CH2    0.00000 19
  C13 CH2    0.00000 20
  C14 CH2    0.00000 21
  C15 CH2    0.00000 22
  C16 CH2    0.00000 23
  C17 CH2    0.00000 24
  C18 CH2    0.00000 25
  C19 CH2    0.00000 26
C110 CH2    0.00000 27
C111 CH2    0.00000 28
C112 CH2    0.00000 29
C113 CH2    0.00000 30
C114 CH2    0.00000 31
C115 CH2    0.00000 32
C116 CH3    0.00000 33
[ bonds ]
  C33    N gb_21
  C34    N gb_21
  C35    N gb_21
N C32 gb_21
  C32 C31 gb_27
  C31 O32 gb_18
  O32    P gb_28
P O33 gb_24
P O34 gb_24
P O31 gb_28
  O31 C3 gb_18
C3 C2 gb_27
C2 O21 gb_18
C2 C1 gb_27
  O21 C21 gb_10
  C21 O22 gb_5
  C21 C22 gb_23
  C22 C23 gb_27
  C23 C24 gb_27
  C24 C25 gb_27
  C25 C26 gb_27
  C26 C27 gb_27
  C27 C28 gb_27
  C28 C29 gb_27
  C29  C210 gb_27
C210  C211 gb_27
C211  C212 gb_27
C212  C213 gb_27
C213  C214 gb_27
C214  C215 gb_27
C215  C216 gb_27
C1 O11 gb_18
  O11 C11 gb_10
  C11 O12 gb_5
  C11 C12 gb_23
  C12 C13 gb_27
  C13 C14 gb_27
  C14 C15 gb_27
  C15 C16 gb_27
  C16 C17 gb_27
  C17 C18 gb_27
  C18 C19 gb_27
  C19  C110 gb_27
C110  C111 gb_27
C111  C112 gb_27
C112  C113 gb_27
C113  C114 gb_27
C114  C115 gb_27
C115  C116 gb_27
[ angles ]
;  ai aj ak gromos type
  C33    N C34    ga_13
  C33    N C35    ga_13
  C33    N C32    ga_13
  C34    N C35    ga_13
  C34    N C32    ga_13
  C35    N C32    ga_13
N C32 C31    ga_15
  C32 C31 O32    ga_15
  C31 O32    P    ga_26
  O32    P O33    ga_14
  O32    P O34    ga_14
  O32    P O31    ga_5
  O33    P O34    ga_29
  O33    P O31    ga_14
  O34    P O31    ga_14
P O31 C3    ga_26
  O31 C3 C2    ga_15
C3 C2 O21    ga_13
C3 C2 C1    ga_13
  O21 C2 C1    ga_13
C2 O21 C21    ga_22
  O21 C21 O22    ga_31
  O21 C21 C22    ga_16
  O22 C21 C22    ga_35
  C21 C22 C23    ga_15
  C22 C23 C24    ga_15
  C23 C24 C25    ga_15
  C24 C25 C26    ga_15
  C25 C26 C27    ga_15
  C26 C27 C28    ga_15
  C27 C28 C29    ga_15
  C28 C29  C210    ga_15
  C29  C210  C211    ga_15
C210  C211  C212    ga_15
C211  C212  C213    ga_15
C212  C213  C214    ga_15
C213  C214  C215    ga_15
C214  C215  C216    ga_15
C2 C1 O11    ga_15
C1 O11 C11    ga_22
  O11 C11 O12    ga_31
  O11 C11 C12    ga_16
  O12 C11 C12    ga_35
  C11 C12 C13    ga_15
  C12 C13 C14    ga_15
  C13 C14 C15    ga_15
  C14 C15 C16    ga_15
  C15 C16 C17    ga_15
  C16 C17 C18    ga_15
  C17 C18 C19    ga_15
  C18 C19  C110    ga_15
  C19  C110  C111    ga_15
C110  C111  C112    ga_15
C111  C112  C113    ga_15
C112  C113  C114    ga_15
C113  C114  C115    ga_15
C114  C115  C116    ga_15
[ impropers ]
;  ai aj ak al gromos type
  O21 C3 C1 C2    gi_2
  C21 O21 C22 O22    gi_1
  C11 O11 C12 O12    gi_1
[ dihedrals ]
;  ai aj ak al gromos type
  C33    N C32 C31    gd_29
N C32 C31 O32    gd_4
N C32 C31 O32    gd_36
  C32 C31 O32    P    gd_29
  C31 O32    P O31    gd_20
  C31 O32    P O31    gd_27
  O32    P O31 C3    gd_20
  O32    P O31 C3    gd_27
P O31 C3 C2    gd_29
  O31 C3 C2 C1    gd_34
C3 C2 O21 C21    gd_29
C3 C2 C1 O11    gd_34
C2 O21 C21 C22    gd_13
  O21 C21 C22 C23    gd_40
  C21 C22 C23 C24    gd_34
  C22 C23 C24 C25    gd_34
  C23 C24 C25 C26    gd_34
  C24 C25 C26 C27    gd_34
  C25 C26 C27 C28    gd_34
  C26 C27 C28 C29    gd_34
  C27 C28 C29  C210    gd_34
  C28 C29  C210  C211    gd_34
  C29  C210  C211  C212    gd_34
C210  C211  C212  C213    gd_34
C211  C212  C213  C214    gd_34
C212  C213  C214  C215    gd_34
C213  C214  C215  C216    gd_34
C2 C1 O11 C11    gd_29
C1 O11 C11 C12    gd_13
  O11 C11 C12 C13    gd_40
  C11 C12 C13 C14    gd_34
  C12 C13 C14 C15    gd_34
  C13 C14 C15 C16    gd_34
  C14 C15 C16 C17    gd_34
  C15 C16 C17 C18    gd_34
  C16 C17 C18 C19    gd_34
  C17 C18 C19  C110    gd_34
  C18 C19  C110  C111    gd_34
  C19  C110  C111  C112    gd_34
C110  C111  C112  C113    gd_34
C111  C112  C113  C114    gd_34
C112  C113  C114  C115    gd_34
C113  C114  C115  C116    gd_34

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-11 17:01:33

怎么产生磷脂膜的拓扑文件在下文第4节都写明了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

结合genmixmem给你的pdb，以及恰当的mdp，直接就能交给grompp产生tpr

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-13 09:14:36

对抗路达摩发表于 2022-6-11 01:14
对于解决你的问题我有两个思路：
1.字写脚本读取PDB的内容并转化为gro，这里有个技术要点就是你的磷脂的原 ...

谢谢详细告知

free3hao · 发表于 Post on 2022-6-13 09:15:21

sobereva 发表于 2022-6-11 17:01
怎么产生磷脂膜的拓扑文件在下文第4节都写明了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http:/ ...

好的，我之前一直死磕pdb2gmx的程序

。

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