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[GROMACS] 求助gromacs2019版本无法成功调用charmm36力场

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本帖最后由 zhijiu 于 2022-6-11 16:43 编辑

当我使用低版本的gromacs例如gromacs4.5.3,输入pdb文件,可以产生正确的gro和top文件,我用的是gromacs里的pdb2gmx指令。但当我用2018.1版本时,同样的pdb,显示的结果是Residue 'DC5' not found in residue topology database. 或者是atom N not found in buiding block 1DC while combining tdb and rtp.
我用charmm27的结果也是一样,这是什么原因造成的?我需要采取什么措施才能在gromacs2019中成功调用charmm36力场


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发表于 Post on 2022-6-11 17:22:41 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-11 21:05:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhijiu 于 2022-6-12 00:08 编辑

老师,您好,我将charmm27力场目录下的dna.arn内容复制到charmm36的merged.arn文件中后,仍然有报错“Atom H5'1 in residue DC5 1 was not found in rtp entry DC5 with 29 atoms"
这个问题该如何解决?

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发表于 Post on 2022-6-13 20:25:43 | 只看该作者 Only view this author
zhijiu 发表于 2022-6-11 21:05
老师,您好,我将charmm27力场目录下的dna.arn内容复制到charmm36的merged.arn文件中后,仍然有报错“Ato ...

pdb2gmx带上-ignh
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-15 21:21:27 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-20 00:21:57 | 只看该作者 Only view this author

sob老师您好,我使用这个力场的时候也是类似这样的报错,但是是 atom C1 not found in buiding block 1MET while combining tdb and rtp, 可以根据pdb里的结构来选择ter吗?选择5ter,3ter还是会报错。

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