MOPAC的安装方法

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-6 12:10:01

shuifangren 发表于 2020-7-6 09:08
老师，我的总报错：
MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: symbol kmp_aligned_malloc, versi ...

可能是当前机子里有其它程序带的的libiomp5.so，和MOPAC用的版本不符。把MOPAC的目录放到LD_LIBRARY_PATH环境变量开头再试，使此目录搜索的优先级更高

shuifangren · 发表于 Post on 2020-7-6 13:19:19

sobereva 发表于 2020-7-6 12:10
可能是当前机子里有其它程序带的的libiomp5.so，和MOPAC用的版本不符。把MOPAC的目录放到LD_LIBRARY_PATH ...

sob老师，我不确定我的理解对不对，在~/.bashrc的开头改为：
# MOPAC
export PATH=$PATH:/home/applic/MOPAC2016
export MOPAC_LICENSE=/home/applic/MOPAC2016
export LD_LIBRARY_PATH=/home/applic/MOPAC2016:$LD_LIBRARY_PATH
会报同样的错。。。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-7 04:51:43

shuifangren 发表于 2020-7-6 13:19
sob老师，我不确定我的理解对不对，在~/.bashrc的开头改为：
# MOPAC
export PATH=$PATH:/home/applic ...

没错
改过后重新进入终端

shuifangren · 发表于 Post on 2020-7-8 08:24:04

sobereva 发表于 2020-7-7 04:51
没错
改过后重新进入终端

谢谢sob老师的回复，
重新进入终端还是相同的报错
“MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: symbol kmp_aligned_malloc, version VERSION not defined in file libiomp5.so with link time reference
Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed”

weng · 发表于 Post on 2020-7-29 17:09:23

老师您好。请问mopac怎么并行运算呢？
我设置了OMP_NUM_THREADS=12，然后运行mopac test。发现只有单线程在跑。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-30 02:59:31

weng 发表于 2020-7-29 17:09
老师您好。请问mopac怎么并行运算呢？
我设置了OMP_NUM_THREADS=12，然后运行mopac test。发现只有单线程 ...

threads=n关键词代表用n线程并行

jingetiema6112 · 发表于 Post on 2020-11-7 11:26:09

rainy 发表于 2020-5-28 00:05
老师，我按照步骤操作之后 Graphic1底部显示如下：（不会上传图片请见谅）
The file：
“C:\program fil ...

你好，我也遇到了同样的问题，请问如何解决的？

妙角不脆 · 发表于 Post on 2021-11-8 16:25:44

sob老师好，向您请教两个问题。

1.我这边下载安装MOPAC的时候似乎已经不提示需要Lisence了，是不是Lisence现在对于MOPAC已经是过去式了？

2.我按照现在官方网站的压缩包中Installation instructions的指导进行操作，并未按预期跳出Graphic1窗口，相反直接程序迅速就崩溃了。进而在双击任何MOP文件，也是瞬间崩溃，想向您请教应怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-8 23:52:15

妙角不脆发表于 2021-11-8 16:25
sob老师好，向您请教两个问题。

1.我这边下载安装MOPAC的时候似乎已经不提示需要Lisence了，是不是Lisen ...

1 是
2 不是崩溃，那是算完了。当前目录下应该出现了与mop同名的out文件，那就是输出文件

妙角不脆 · 发表于 Post on 2021-11-9 11:05:04

sobereva 发表于 2021-11-8 23:52
1 是
2 不是崩溃，那是算完了。当前目录下应该出现了与mop同名的out文件，那就是输出文件

已经顺利找到输出文件了，感谢sob老师解答。

zhangxinxin360 · 发表于 Post on 2021-12-30 13:35:28

Sob老师好，我按照老师撰写的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具”去搜索多巴胺构象。通过Molclus调用MOPAC运行时出错，显示“Cannot found MOPAC.arc”, the task may be failed. MOPAC是2016版，安装的方法也按照sob老师说的方法安装到windows10中。图片如下，麻烦sob老师看一下可能的原因是什么，谢谢sob老师。

zhangxinxin360 · 发表于 Post on 2021-12-30 16:05:24

sob老师后，发完帖子也一直再琢磨这个事情。在sob老师发的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具”中通过Molclus调用MOPAC基于PM7关键词优化多巴胺的结构，在设置template.mop时，因为下载sob老师的Molclus时，template.mop原有的关键词是PM6-DH + precise，那么再更换PM7时，应写成sob老师帖子中的样子PM7 precise，而不是PM7 + precise。如果写成后者再通过Molclus调用MOPAC优化构象时，就会出现26楼我遇到的那个问题。

snljty · 发表于 Post on 2021-12-30 16:12:16

zhangxinxin360 发表于 2021-12-30 16:05
sob老师后，发完帖子也一直再琢磨这个事情。在sob老师发的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 ...

原来的关键词是PM6-DH+不是PM6-DH +，看清有没有空格。PM6-DH+是一个专门的半经验方法的名字，加号是这个名字里的。软件基本关键词建议到官网http://openmopac.net/manual/index.html的keywords页面稍微看一下。

tao · 发表于 Post on 2023-12-9 10:21:34

shuifangren 发表于 2020-7-8 08:24
谢谢sob老师的回复，
重新进入终端还是相同的报错
“MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: ...

你好，我遇到同样的问题，请问你这个问题是否解决？如何解决的？谢谢。

mizu-bai · 发表于 Post on 2023-12-9 17:38:58

tao 发表于 2023-12-9 10:21
你好，我遇到同样的问题，请问你这个问题是否解决？如何解决的？谢谢。

如果你愿意试试最新版本的 MOPAC 的话，可以参考一下我写的编译安装教程 http://bbs.keinsci.com/thread-41935-1-1.html

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