报错default file 'topol' does not exist or is not accessible

fygfjhj · 发表于 Post on 2022-6-12 17:21:28

本帖最后由 fygfjhj 于 2022-6-12 17:20 编辑

请教大家，我想用pbs作业系统提交一个gromacs计算任务，且确认在提交作业的脚本中拷贝了所需文件，脚本中的命令和报错如下：

报错是说我没有使用-s xx.tpr，但是命令第一行执行完就会生成nvt.tpr，于是我尝试把第二行命令改成 gmx mdrun -v -s nvt.tpr -deffnm nvt -ntmpi 1 -ntomp 12 ，又出现以下报错：

我尝试先在终端里执行第一行命令，成功生成了nvt.tpr，然后在pbs作业脚本中只保留第二行命令，却能正常运行，但这样提交作业非常繁琐。
请问为什么同时在脚本里写上那两行命令就会报错呢？我需要怎么改呢？

fygfjhj · 发表于 Post on 2022-6-12 23:15:18

打扰了，知道问题出在哪了

lpq · 发表于 Post on 2024-10-1 00:42:06

可以说一下问题出在哪吗，谢谢

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[GROMACS] 报错default file 'topol' does not exist or is not accessible