Gaussian对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析计算时出现错误

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-13 16:11:22

我想对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析，在GaussView6.0中导出的gjf文件导入Gaussian09中无法计算，gif文件的具体信息和错误原因已经贴在附件里，请问是什么原因造成的

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-13 16:25:59

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-15 10:31 编辑

（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜2070，《Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项》http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
（3）结构优化不需要加这么多弥散基函数，看《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
（4）gjf文件中那些PDBName、末尾一列L都没用，都可以删掉。

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-13 16:32:24

zjxitcc 发表于 2022-6-13 16:25
（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜 ...

谢谢，因为刚入门，所以有些基础的不清楚，注意不到这些问题，就是您说的第一条问题导致的，已经可以算了，谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-13 16:33:12

weifujing 发表于 2022-6-13 16:32
谢谢，因为刚入门，所以有些基础的不清楚，注意不到这些问题，就是您说的第一条问题导致的，已经可以算了 ...

可以算不等于合理的、快速的计算。尤其注意我在2L说的第（3）点

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-13 16:33:59

zjxitcc 发表于 2022-6-13 16:25
（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜 ...

看到文献里面加了弥散基组，仔细看过基组选择的文章，明白不需要加这么多弥散基组，我想先按着文献中的基组算一下，看自己的操作是否正确，嘿嘿嘿

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-13 20:05:35

weifujing 发表于 2022-6-13 16:33
看到文献里面加了弥散基组，仔细看过基组选择的文章，明白不需要加这么多弥散基组，我想先按着文献中的基 ...

计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

经常有初学者说“极化基组”、“弥散基组”，这非常不妥。那应当叫做“带极化函数的基组”、“带弥散函数的基组”。

仔细把此文看了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

分清楚gif和gjf

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-14 15:33:11

sobereva 发表于 2022-6-13 20:05
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1- ...

感谢社长的建议

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-15 09:05:48

sobereva 发表于 2022-6-13 20:05
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1- ...

老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)，加了D3校正，核数为2核，算了30多个小时还没有算好，是不是哪里出现了问题，CPU进程显示为0，Gaussian的运行界面停留在Nuclear repulsion after empirical dispersion term.

chands · 发表于 Post on 2022-6-15 09:57:23

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

信息量不够，上输入输出文件。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-15 10:33:28

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-15 10:37 编辑

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

即使它还在算，因为2核太少，这体系和基组算不动，这么算下去意义也不大

另外，你还需要告诉大家你在输入文件中指定的内存大小。由于阿司匹林不涉及任何机密，因此直接上传输入、输出文件是最快的方法。

如果怀疑计算已经挂掉或者暂停了，你看看你是不是用的G09W/G16W那个图形界面做的计算（是不是误点击了暂停按钮），如果确认没有失误，CPU占用率长时间很低，那还不如停掉。

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-15 10:49:52

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:33
即使它还在算，因为2核太少，这体系和基组算不动，这么算下去意义也不大另外，你还需要告诉大家你 ...

谢谢老师，我换了一台电脑已经算完了，可能是电脑的问题
但是刚刚又遇到一个问题，相关HOMO-LUMO的教程中提到计算完单点能之后，在GV中打开chk文件，通过Edit中的MOs选项查看HOMO-LUMO的信息，但是我用GV6打开时时，Edit中没有MOs这一项

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-15 10:52:43

weifujing 发表于 2022-6-15 10:49
谢谢老师，我换了一台电脑已经算完了，可能是电脑的问题
但是刚刚又遇到一个问题，相关HOMO-LUMO的教程 ...

Tools -> MO

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-15 11:01:15

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:52
Tools -> MO

对不起老师，刚刚也发现自己看错了，还没来得及删除，麻烦老师解答了

weifujing · 发表于 Post on 2022-6-15 11:50:20

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:52
Tools -> MO

老师，我想问一下GV观察HOMO-LUMO这个界面中的Isovalue, cube grid 和Add type分别是什么意思啊，需要修改吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-15 12:25:59

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

根本没正常计算
注意看最后一段
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

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[Gaussian/gview] Gaussian对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析计算时出现错误

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