gmx限制性模拟报错求助以及解决办法思考

uenh1998

        各位老师好，我在用gromacs模拟以下的配体蛋白复合物。结构从RCSB数据库得到，分辨率良好，可较为准确用于模拟。力场用AMBER14SB+GAFF组合。这个体系配体部分较长，头部深入蛋白内部而尾部暴露在蛋白外面。原子电荷RESP2计算按社长博文完整计算，配体用sobtop生成，所有工作都按培训讲的准备完毕。但是能量最小化阶段中间暂停，出现图二的问题，然后接着限制性模拟出现图三的错误。查看对应结构发现配体尾部断键，结构扭曲。按培训模拟崩溃的解决办法，仍然没有效果。（相关文件已上传，请老师们指点迷津！）        初步的想法是，主要的问题出现在尾部的一大块基团。处于蛋白外部。我想的其中一个解决办法是把容易出问题的尾部的一大块区域去掉，因为核心作用区在配体头部。且尾部原理作用核心区。但是这样会不会出现一些其他的定性的问题，请老师们指点一下！

sobereva

和尾部露出来没直接关系，截掉的做法是不能接受的，太artificial了
严格照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查找原因

牧生

用vmd打开em1.gro时，有如下提示
Warning) Unusual bond between residues:  172 (protein) and 173 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  180 (none) and 14064 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  180 (none) and 181 (protein)
Warning) Unusual bond between residues:  324 (protein) and 609 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  342 (protein) and 343 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  357 (none) and 14856 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  357 (none) and 14856 (waters)
Warning) Unusual bond between residues:  357 (none) and 359 (protein)
Warning) Unusual bond between residues:  606 (protein) and 607 (none)

出错的极大概率是因为在.top中，.itp引入的顺序和.gro不对应造成的。在em这一步的时候，如果有提示Warning: atom name XXXX in topol.top and XXXX.gro does not match，那就一定是不对应了。

解决思路,合理位置也引入SOL：
#include "amber14sb_OL15.ff/forcefield.itp"
#include "2fy5_B_SOP.itp"
#include "cht.itp"

你再去查看一下是不是有结晶水，有没有必要在这里也引入水。如有结晶水，那么就应该在蛋白的[ molecules ]里面单独加上水的个数，比如下面的这种格式

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
SOL           XX
MOL                      1
CHT                       1
SOL         31147
CL               8

confidence

牧生 发表于 2022-6-15 14:52
用vmd打开em1.gro时，有如下提示
Warning) Unusual bond between residues:  172 (protein) and 173 (none ...

老师好，借个楼问一下，如果vmd打开时出现了“unusual bond betwenn residues"，但是em时没有出现原子名不匹配的情况，模拟能正常运行，这样子我还需要管vmd的这个warning吗？

牧生

confidence 发表于 2022-6-15 16:14
老师好，借个楼问一下，如果vmd打开时出现了“unusual bond betwenn residues"，但是em时没有出现原子名 ...

既然出现unusual bond betwenn residues，那么极大概率（99.9999%）就有不匹配的情况。
因为原子名是可以手动改的，所以就算原子名匹配了，也只是表面现象正常，实际上，还需要自己反复检查真正的顺序和对应关系。

confidence

牧生 发表于 2022-6-15 16:27
既然出现unusual bond betwenn residues，那么极大概率（99.9999%）就有不匹配的情况。
因为原子名是可 ...

谢谢老师的回复，我刚再一次检查了top文件中，itp文件与gro文件的原子对应顺序，并没有发现异常（有可能是我粗心没发现，但毕竟检查了几次了），vmd打开也不会出现任何分子断裂等情况。还是说我开个贴把文件放上来让老师检查一下呢？

牧生

confidence 发表于 2022-6-15 17:14
谢谢老师的回复，我刚再一次检查了top文件中，itp文件与gro文件的原子对应顺序，并没有发现异常（有可能 ...

如果vmd打开时出现了“unusual bond betwenn residues"，那么，99.9999%的概率是断了的，只不过你没看到罢了。

解决办法，尝试在vmd里面选择只显示unusual的那几个residues，仔细看这几个residue有没有问题

uenh1998

谢谢各位的解答，我对照着仔细检查一遍

confidence

牧生 发表于 2022-6-15 17:22
如果vmd打开时出现了“unusual bond betwenn residues"，那么，99.9999%的概率是断了的，只不过你没看到 ...

谢谢老师回复，我把vmd显示warning的residue显示出来，都是异辛烷和水分子，都是完整的。我对着这些个分子检查了其gro文件，也没发现错误，实在不明白为啥会出现这warning了

uenh1998

sobereva 发表于 2022-6-15 13:45
和尾部露出来没直接关系，截掉的做法是不能接受的，太artificial了
严格照着http://sobereva.com/soft/Sob ...

谢谢社长的回复，按照这个检查后，在我这里是没有发现不恰当的结构成键，接触问题，也让楼里比较懂的小伙伴帮忙看了看，包括top文件 itp文件 结构文件，都没看出问题，但是能量最小化时候就是出错，实在解决不了了。还是请社长帮忙简单看一眼吧
按说蛋白配体都是从RCSB官网下的，分辨率也还不错，配体电荷也是严格按照RESP2电荷加进去的，不至于按他的结构一模拟就出错，真的是纳闷了。。。。