Multiwfn+VMD绘制分子范德华表面的极值点序号问题

weifujing

在查看静电势极值点的数值时提到点击VMD的OpenGL时提到，点击极值点对应的圆球，文本窗口显示index 1, 那么加1 就是它在surfanalysis.pdb中的实际序号
REMARK   Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
REMARK   Carbon: Surface maximum    Oxygen: surface minimum
HETATM    1  C   MOL A   1      -3.162  -0.674   0.277  1.00 36.04          C
HETATM    2  C   MOL A   1      -0.426  -2.953   0.281  1.00 44.12          C
HETATM    3  C   MOL A   1       3.160   1.100  -0.585  1.00  8.94          C
HETATM    1  O   MOL A   1      -1.215  -0.492  -1.936  1.00-13.72          O
HETATM    2  O   MOL A   1      -0.176   3.013  -0.028  1.00-43.25          O
END
那第3-7行的第二列是序号吗？
在简便方法中提到，某个极值点是index3, 就在VMD窗口中输入[atomselect top "index 3"] get beta 即可显示数值，那这个index 3就是VMD文本窗口显示的Index3，不需要在文本窗口显示的序号上加1吧

sobereva

删除注释行，然后行数就是极值点序号

是

weifujing

sobereva 发表于 2022-6-20 11:53
删除注释行，然后行数就是极值点序号

是

所以极值点序号并不是第二列的数字吗？删除了注释行，第四行的O的极值点序号就是4，并不是O前面第二列显示的数字1是吗？

sobereva

weifujing 发表于 2022-6-21 17:01
所以极值点序号并不是第二列的数字吗？删除了注释行，第四行的O的极值点序号就是4，并不是O前面第二列显 ...

仔细看你贴的数据便知，C和O都是从1开始排的，所以才不能直接看第二列的数字

weifujing

sobereva 发表于 2022-6-22 03:36
仔细看你贴的数据便知，C和O都是从1开始排的，所以才不能直接看第二列的数字

好的明白了，谢谢老师