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[GROMACS] 运行grompp进行能量最小化报错

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请问大家,我的模拟对象是只包含R245fa分子的盒子,使用acpype转换得到.gro和.top文件后进行能量最小化,出现一个warning,如下图:
使用的.mdp文件是在参考网上的。我这个应该没有净电荷啊,请问为什么会出现这种问题,是不是只要在后面加一个 -maxwarn就可以了 R245famix_GMX.top.rar (448.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) minim.mdp.rar (566 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2022-6-20 21:18:20 | 只看该作者 Only view this author
grompp运行完之后会明确在屏幕上提示当前体系的净电荷,看具体是多少,偏离0太明显就不能忽略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-20 21:24:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-20 21:18
grompp运行完之后会明确在屏幕上提示当前体系的净电荷,看具体是多少,偏离0太明显就不能忽略

谢谢老师。
我刚查看了,系统提示是“System has non-zero total charge: 0.001408”,电荷量是0.001408,这个应该是可以忽略的吧

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发表于 Post on 2022-6-20 23:49:27 | 只看该作者 Only view this author
Reisende 发表于 2022-6-20 21:24
谢谢老师。
我刚查看了,系统提示是“System has non-zero total charge: 0.001408”,电荷量是0.001408 ...

可以忽略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-21 09:16:53 | 只看该作者 Only view this author

谢谢社长

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