Open molcas安装求助

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-23 13:29:26

yellow233 发表于 2022-6-23 13:09
谢谢各位老师的帮助，已经安装好了，但是在测试自带的100个示例时，所有示例都显示failed。现在电脑不在身 ...

那肯定是不对的。另外，不要截图100个failed给大家看（那没用），直接去OpenMolcas-v22.06/test/tmp下找一两个输出文件看报错信息，或上传一两个报错的输出文件。
PS：强烈建议再次阅读两篇安装教程，一个字都不要放过，我估计你跳过了一些字没看，自以为不重要。

yellow233 · 发表于 Post on 2022-6-23 14:26:17

zjxitcc 发表于 2022-6-23 13:29
那肯定是不对的。另外，不要截图100个failed给大家看（那没用），直接去OpenMolcas-v22.06/test/tmp下找 ...

谢谢老师，我看了您的那两篇帖子，22.06和21.06的区别就在于多了Libxc的库，我现在使用的是21.06，所以这段代码应该是没有影响的。我唯一没输入的代码就是那段清空临时文件的代码。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-23 14:29:53

yellow233 发表于 2022-6-23 14:26
谢谢老师，我看了您的那两篇帖子，22.06和21.06的区别就在于多了Libxc的库，我现在使用的是21.06，所以这 ...

教程中写着环境变量MOLCAS_MEM=32Gb，你机器可能没有这么多内存，要按照机子内存情况修改，不能机械照抄

yellow233 · 发表于 Post on 2022-6-23 14:37:56

zjxitcc 发表于 2022-6-23 14:29
教程中写着环境变量MOLCAS_MEM=32Gb，你机器可能没有这么多内存，要按照机子内存情况修改，不能机械照抄

谢谢老师，主要只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录。还有50g是空出来的，所以我以为是够用的。忘了事先查看内存的使用情况了。谢谢您的帮助。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-23 14:52:40

yellow233 发表于 2022-6-23 14:37
谢谢老师，主要只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录。还有50g是空出来的，所以我以为是够用的。 ...

非也，分清楚内存和硬盘。“只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录”这说的是硬盘，不是内存。运行free -h或free -g查看当前Linux系统内存情况

yellow233 · 发表于 Post on 2022-6-24 09:42:42

zjxitcc 发表于 2022-6-23 14:52
非也，分清楚内存和硬盘。“只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录”这说的是硬盘，不是内存。运行 ...

谢谢老师，改了运行内存后可以运行了。感谢您这段时间的帮助

yellow233 · 发表于 Post on 2022-7-4 10:20:00

各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运行时显示R02O不是关键词。我也试过改成R02O02，但还是显示no keyword。然后我还试着删除了R02O这个关键词，又显示了以下问题。（附带图和input文件）。所有内容都是自己摸索的，还望老师们不吝赐教。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-7-4 10:28:54

yellow233 发表于 2022-7-4 10:20
各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运 ...

仅就R02O而言，这个是因为旧版OpenMolcas开启DKH2哈密顿关键词确实是R02O，但最近两年的版本改了，是RELAtivistic = R02O

其他基组、赝势和坐标部分我看不懂，不知道有没问题。我自己平时都是用fch2iporb小程序从fch文件生成OpenMolcas输入文件的。

yellow233 · 发表于 Post on 2022-7-4 19:49:50

zjxitcc 发表于 2022-7-4 10:28
仅就R02O而言，这个是因为旧版OpenMolcas开启DKH2哈密顿关键词确实是R02O，但最近两年的版本改了，是RELA ...

好的，谢谢老师。按照您的代码没有keyword报错了。但还是运行错误。我对照了一下 Basis set的基集。发现了一些问题。Pr和F的primitive的电子排布对不上。Ba的基集完全没有。（Seijo Luis用的是molcas，有没有可能基集有修改？）

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-7-4 21:12:36

yellow233 发表于 2022-7-4 19:49
好的，谢谢老师。按照您的代码没有keyword报错了。但还是运行错误。我对照了一下 Basis set的基集。发现 ...

不知道。这种情况我平时都是这样的：写个gjf文件
#p RHF genecp nosymm int(DKH2,nobasistransform) guess(only,save)

title

0 1
[坐标]
[空行]
[基组和赝势]
[空行]
[空行]

把gjf提交给高斯，一两秒后算完，获取fch文件
formchk a.chk a.fch

获取OpenMolcas输入文件（会生成.input和.INPORB文件）
fch2inporb a.fch

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-7-4 21:31:01

yellow233 发表于 2022-7-4 10:20
各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运 ...

你这个输入从哪里学来的？我猜这只是个示例，实际计算中基本不会出现全电子基组和ecp混用的情况。你给所有原子都用ANO-RCC系列就行了。

yellow233 · 发表于 Post on 2022-7-5 09:27:51

zjxitcc 发表于 2022-7-4 21:12
不知道。这种情况我平时都是这样的：写个gjf文件
#p RHF genecp nosymm int(DKH2,nobasistransform) gue ...

好的，谢谢老师

yellow233 · 发表于 Post on 2022-7-5 09:40:09

hebrewsnabla 发表于 2022-7-4 21:31
你这个输入从哪里学来的？我猜这只是个示例，实际计算中基本不会出现全电子基组和ecp混用的情况。你给所 ...

老师您好，这个其实是有2个有关seward的文件，一个是input.head,一个是input.embedding。主要是不知道embedding文件是怎么来的。所以只传了head文件。下面这个是seward的原文件

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-7-5 15:05:07

yellow233 发表于 2022-7-5 09:40
老师您好，这个其实是有2个有关seward的文件，一个是input.head,一个是input.embedding。主要是不知道emb ...

这不属于常见类型的计算，如果你只是学习openmolcas的话，不需要看这个。除非你是要重复文献的计算

yellow233 · 发表于 Post on 2022-7-5 15:40:26

hebrewsnabla 发表于 2022-7-5 15:05
这不属于常见类型的计算，如果你只是学习openmolcas的话，不需要看这个。除非你是要重复文献的计算

老师您好，我的确需要了解这方面的一个运算。这个head文件是从一个晶胞中取出的一个分子做的运算吗，embedding文件是取出分子后的剩余晶胞（或者说是head文件的一个分子周围的环境吗？）

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