不同力场水模型的选择问题

xiayu1985 · 发表于 Post on 2022-6-22 11:09:19

老师，水模型在使用过程中有不同的差异，有些好有些烂，您在课件中推荐的有OPC等，但是后面又出现不同力场御用的水模型，这些水模型在不同立场下并不都和推荐的有交集或一样。那哪个具有最高优先？另外问一下，gromacs办过高级班吗？搜了一下没有看到。

Kangtor · 发表于 Post on 2022-6-22 15:01:44

可以通过模拟结果的精度和计算效率来确定水模型

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-22 15:56:55

看具体问题判断。

诸如模拟蛋白质，水本身的描述精度重要相对次要，关键要看和力场的兼容性，否则会导致最关心的蛋白质构象描述不理想。在一些文章里都有测试，比如AMBER19SB的原文。

如果是描述水本身的特征，当然得用OPC之类对水本身整体描述较好的模型。

其它的对于拿不准的情况，一般能用OPC尽量OPC，希望耗时更低用OPC3。
但也有些情况必须用可极化水模型，特别是精确描述水处于不同极性环境的情况。

高级班日期看www.keinsci.com首页的预告栏。这类问题答案始终是这个

xiayu1985 · 发表于 Post on 2022-6-27 10:43:24

谢谢老师！

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[GROMACS] 不同力场水模型的选择问题

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