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楼主 Author: halouhapily
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[Gaussian/gview] gaussian的ADMP模拟中报错L121

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-23 20:44:14 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-3 14:27
王老师放大假去玩啦(画外音:别偷吃我的酸菜和香肠!)
个人观点:不要简化,简化不合理。应当将全部配 ...

老师,您说的使用团簇,我想问一下是用sob老师推荐的genmer生成团簇吗?我需要在周围加几个乙醇分子合适呢?
2、您说使用第一性原理软件是指什么软件呢?我现在使用的高斯,计算很慢,

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-23 21:20:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 halouhapily 于 2022-8-23 21:29 编辑
wzkchem5 发表于 2022-6-25 00:34
1. 极其不合理,任何金属离子必须带着所有的配体,不管配体是不是溶剂
2. 应该去查这种体系结构优化用的 ...

老师,如果我将金属离子所有的配体都加上之后,在显式溶剂模型下计算和有机配合物反应动力学,在高斯下带不动,老师您能推荐大分子液相反应动力学模拟的软件吗?可以用xtb软件跑反应动力学吗?

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发表于 Post on 2022-8-24 01:46:40 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2022-8-23 14:20
老师,如果我将金属离子所有的配体都加上之后,在显式溶剂模型下计算和有机配合物反应动力学,在高斯下带 ...

可以用xtb。也可以用orca等软件做DFT/xtb ONIOM计算,金属附近用DFT,外面用xtb
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-8-24 19:56:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-25 00:34 编辑
halouhapily 发表于 2022-8-23 20:44
老师,您说的使用团簇,我想问一下是用sob老师推荐的genmer生成团簇吗?我需要在周围加几个乙醇分子合适 ...

genmer很好用,配合预优化省很多力。稀土金属的配位数往往比较高,我不知道要配多少个乙醇分子合适,如果我做你的题目,首先读一堆文章再说,再试算几个体系。

CP2K不错,不过正如我说,要找合适的泛函和基组,不是所有基组都覆盖稀土金属。
这里有快速入门
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587
入门再啃手册(吐槽,CP2K手册写得跟注释行一样,可读性跟ORCA手册不是一个级别)
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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