gaussian的ADMP模拟中报错L121

chands

halouhapily 发表于 2022-8-2 19:51
老师，对于稀土离子周围加配体的问题我还想请教一下，
因为反应物是硝酸铕六水合物，我尝试模拟的时候将 ...

王老师放大假去玩啦（画外音：别偷吃我的酸菜和香肠！）
个人观点：不要简化，简化不合理。应当将全部配体加上，配体弹开了可能是配合物结构不合理。如果跑得动，在配合物周围加多几个乙醇分子试试，初始结构可以用团簇模型试试。

但是我觉得这种体系最好用第一性原理软件跑，可以加更多溶剂分子，问题是你的f区元素要找个合适的赝势和赝势基组，我没做过我不知道，等方家指正。

halouhapily

chands 发表于 2022-8-3 14:27
王老师放大假去玩啦（画外音：别偷吃我的酸菜和香肠！）
个人观点：不要简化，简化不合理。应当将全部配 ...

老师，您说的使用团簇，我想问一下是用sob老师推荐的genmer生成团簇吗？我需要在周围加几个乙醇分子合适呢？
2、您说使用第一性原理软件是指什么软件呢？我现在使用的高斯，计算很慢，

halouhapily

wzkchem5 发表于 2022-6-25 00:34
1. 极其不合理，任何金属离子必须带着所有的配体，不管配体是不是溶剂
2. 应该去查这种体系结构优化用的 ...

老师，如果我将金属离子所有的配体都加上之后，在显式溶剂模型下计算和有机配合物反应动力学，在高斯下带不动，老师您能推荐大分子液相反应动力学模拟的软件吗？可以用xtb软件跑反应动力学吗？

wzkchem5

halouhapily 发表于 2022-8-23 14:20
老师，如果我将金属离子所有的配体都加上之后，在显式溶剂模型下计算和有机配合物反应动力学，在高斯下带 ...

可以用xtb。也可以用orca等软件做DFT/xtb ONIOM计算，金属附近用DFT，外面用xtb

chands

halouhapily 发表于 2022-8-23 20:44
老师，您说的使用团簇，我想问一下是用sob老师推荐的genmer生成团簇吗？我需要在周围加几个乙醇分子合适 ...

genmer很好用，配合预优化省很多力。稀土金属的配位数往往比较高，我不知道要配多少个乙醇分子合适，如果我做你的题目，首先读一堆文章再说，再试算几个体系。

CP2K不错，不过正如我说，要找合适的泛函和基组，不是所有基组都覆盖稀土金属。
这里有快速入门
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587
入门再啃手册（吐槽，CP2K手册写得跟注释行一样，可读性跟ORCA手册不是一个级别）