怎么实时更新.gro文件

ybch · 发表于 Post on 2022-6-25 11:41:31

跑模拟时，Gromacs的输出并不更新confout.gro，只有模拟结束时，输出最后一帧坐标，如何设置经多少步后更新一次confout.gro？

lyj714 · 发表于 Post on 2022-6-25 13:15:32

本帖最后由 lyj714 于 2022-6-25 13:19 编辑

没有该功能，要么写脚本分段模拟，每跑完一段就会输出gro然后续跑；要么写一个脚本实时监测模拟进度然后从轨迹中提取出固定时间帧，这个和前一个差不多方法；要么自己改程序添加这个功能，前提会编程。

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-25 20:52:03

不能，如果要用不同时刻的gro考察结构，可以用gmx trjconv抽取某一帧输出为gro

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 23:51:20

gmx可以设置cpt文件多长时间输出一次，可以把cpt转成gro

ybch · 发表于 Post on 2022-6-26 22:34:54

好的，非常感谢

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