求助：有关氢的力场修改

sj12138 · 发表于 Post on 2022-6-25 20:50:00

请教各位前辈老师，在论文中看到的氢的力场参数是这样的
H +0.4932 0.0000 0.000
HCM -0.9864 3.038 epsilon 0.2852 sigma

其中HCM是质心
但是我是在ATB网站下载的H的pdb和itp文件，里面只有两个氢原子。

请教各位我是不是需要自己改pdb文件和itp文件，加一个HCM质心并且对应上文献里的参数那？还是只需要把已有的两个氢原子的电荷分别改为+0.4932和-0.4932以及文献里的epsilon和sigma那？

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-25 21:07:59

oplsaa和ATB给出的gromos的形式是不一样的，一般来说，不通用。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 23:56:51

发帖之后把自己的帖子好好看看，别留着那么多没解析的标签，看着极乱。重新编辑帖子把多余的标签删掉

sj12138 · 发表于 Post on 2022-6-26 10:38:28

牧生发表于 2022-6-25 21:07
oplsaa和ATB给出的gromos的形式是不一样的，一般来说，不通用。

格式可以自己改，就是只用他的电荷和lj参数是否有问题那？

sj12138 · 发表于 Post on 2022-6-26 10:41:14

sobereva 发表于 2022-6-25 23:56
发帖之后把自己的帖子好好看看，别留着那么多没解析的标签，看着极乱。重新编辑帖子把多余的标签删掉

好的Sob老师，已经改好了，可以请教一下是否可以直接修改itp文件那？然后lj算好HCM和其他原子的直接加在nonbond params里那？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 04:54:38

我没看过你说的论文，应该是用三个点描述每个H2，每个氢原子核都有一个点，H2中心再加一个点。
自行创建个H2的[moleculetype]，按照上述情况自己写拓扑信息。[atoms]里每个氢的电荷都是+0.4932，H2中心的HCM的电荷是-0.9864。给这两类粒子分别定义两种原子类型，范德华参数在[atomtypes]里设。对应氢核的粒子的范德华参数都为0，HCM的写成文献里给的sigma和epsilon。

并且必须令结构文件里每个H2也是靠三个点来描述，从而和[moleculetype]里的[atoms]里的粒子数和顺序相对应

sj12138 · 发表于 Post on 2022-6-27 12:44:47

sobereva 发表于 2022-6-27 04:54
我没看过你说的论文，应该是用三个点描述每个H2，每个氢原子核都有一个点，H2中心再加一个点。
自行创建个 ...

懂了，谢谢sob老师，想问一下这样的三点氢分子的pdb文件是需要自己写吗？如果自己写的话是不是HCM的坐标位置在两个氢原子的之间吗？键连接是不是只需要写两个氢原子的就可以那？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-29 01:49:17

sj12138 发表于 2022-6-27 12:44
懂了，谢谢sob老师，想问一下这样的三点氢分子的pdb文件是需要自己写吗？如果自己写的话是不是HCM的坐标 ...

是
你那篇文章可能是把HCM作为虚拟点对待的。看gmx手册了解虚拟点是什么，以及有哪些规则根据实际原子位置产生虚拟点的位置

sj12138 · 发表于 Post on 2022-6-29 15:48:16

sobereva 发表于 2022-6-29 01:49
是
你那篇文章可能是把HCM作为虚拟点对待的。看gmx手册了解虚拟点是什么，以及有哪些规则根据实际原子位 ...

好的谢谢sob老师

sj12138 · 发表于 Post on 2022-7-2 12:52:58

sobereva 发表于 2022-6-29 01:49
是
你那篇文章可能是把HCM作为虚拟点对待的。看gmx手册了解虚拟点是什么，以及有哪些规则根据实际原子位 ...

老师您好，我想问一下，为什么gromos54a7力场无法加载tip4p的水模型呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-3 03:47:17

sj12138 发表于 2022-7-2 12:52
老师您好，我想问一下，为什么gromos54a7力场无法加载tip4p的水模型呢？

二者根本毫无联系

“加载”语义不明

sj12138 · 发表于 Post on 2022-7-3 10:19:45

本帖最后由 sj12138 于 2022-7-3 10:29 编辑

sobereva 发表于 2022-7-3 03:47
二者根本毫无联系

“加载”语义不明

就是top文件include进去之后top报错意思说这个tip4p是不能用的，然后pdb2gmx的交互里还没有tip4p的选项

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-4 01:16:24

sj12138 发表于 2022-7-3 10:19
就是top文件include进去之后top报错意思说这个tip4p是不能用的，然后pdb2gmx的交互里还没有tip4p的选项

直接贴报错，别自己翻译

没有特殊情况，别用GROMOS+TIP4P这种莫名其妙的组合，TIP4P本来就很烂，而且GROMOS又不是结合TIP4P参数化的力场

LWM · 发表于 Post on 2024-9-4 16:18:26

sj12138 发表于 2022-7-3 10:19
就是top文件include进去之后top报错意思说这个tip4p是不能用的，然后pdb2gmx的交互里还没有tip4p的选项

你好，能分享下这篇关于氢力场的原文么

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