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[综合交流] 配合物晶体的自由区域绘制问题

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请问一下,我在用Multiwfn和VMD结合去画cif文件的配合物晶体的自由区域,完全按照使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)操作,结果观察发现有很多无序的分子,最重要的是,我配位的金属离子不见了。请问是什么原因,和怎么去解决呢?谢谢。

2022-06-26 102210.jpg (103.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

红色的氧和蓝色的氮都应该与金属原子连接!

红色的氧和蓝色的氮都应该与金属原子连接!

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发表于 Post on 2022-6-26 19:51:06 | 只看该作者 Only view this author
不知道你说的无序分子指什么。Multiwfn不会修改结构文件,该有的原子不会自动失去。注意检查是否是显示方式设置的问题,或者看漏了。

“红色的氧和蓝色的氮都应该与金属原子连接!”这涉及到连接关系的判断,看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
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