利用CaGe构建giant Fullerenes出现的问题

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-26 22:00:10

各位老师好，目前我想构建C540的分子结构（类似于gjf的文件类型，需要坐标），在文献中看到了CaGe程序可以有效构建giant Fullerene，sob老师也在他的一篇文章中提到CaGe程序构建。于是想着试试看，结果在安装的时候就卡住了，想请各位老师看看这个问题出在哪里，谢谢各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 05:17:18

Fullerene_C540.pdb (50.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

直接给你个现成的

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-27 09:46:09

哈哈哈谢谢老师！不过我有个想法就是fullerene堆叠，就是C60-C240-C540……一直到C6000，构成一个giant fullerene，还是想请教您这个cage软件应该怎么用

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-27 09:47:00

还是安装的问题

，麻烦老师您了

乐平 · 发表于 Post on 2022-6-27 10:31:50

weishch6 发表于 2022-6-27 03:47
还是安装的问题，麻烦老师您了

建议你看官方网站上的安装注意事项之系统需求
https://www.math.uni-bielefeld.de/~CaGe/

Download CaGe
System requirements:
a regular (ANSI) C compiler (the GNU compiler for example) with a POSIX-compatible C library and a 'make' command,
an 'unzip' command,
a Bourne-style shell (bash for example)
with very few commands (expr, mkdir, chmod, find), and
a Java installation of Java 7 JDK or Java 8 JDK
(with Java Native Interface [JNI] files -- which means that a Runtime Environment [JRE] won't be enough, you need the full Software Development Kit [SDK].
Note that CaGe for now will not work with Java versions of 9 or above.

复制代码

Sob 老师的帖子（http://sobereva.com/104）是 2011年写的，相对古老了，那时候还没 Java 7 或者 8。

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-27 10:55:58

乐平发表于 2022-6-27 10:31
建议你看官方网站上的安装注意事项之系统需求
https://www.math.uni-bielefeld.de/~CaGe/

好的，我这就去看看，谢谢老师

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-27 17:39:31

sobereva 发表于 2022-6-27 05:17
直接给你个现成的

sob老师您好，我想请问您这个是怎么得到的呢？？也是用CaGe程序得到的吗？

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-27 17:46:41

各位老师，我找到问题所在了，这个是由于Linux的gnu编译系统升级了，所有Makefile中的CFLAGS = -w -O4 都需要加上 -fcommon，谢谢各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 21:07:44

weishch6 发表于 2022-6-27 17:39
sob老师您好，我想请问您这个是怎么得到的呢？？也是用CaGe程序得到的吗？

Nanotube modeler自己的富勒烯库里的

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-28 08:53:41

sobereva 发表于 2022-6-27 21:07
Nanotube modeler自己的富勒烯库里的

噢噢好的，谢谢老师。我发现cage最大原子数仅有250

，不太行，我在想想办法。可能要用fullerene更高级的构建软件。谢谢老师

granvia · 发表于 Post on 2022-6-28 17:31:00

巨型富勒烯可采用leapfrog算法由相应对称性的小富勒烯生成出来

weishch6 · 发表于 Post on 2022-6-28 19:30:05

granvia 发表于 2022-6-28 17:31
巨型富勒烯可采用leapfrog算法由相应对称性的小富勒烯生成出来

您好，我想问问您，是通过是通过类似sob老师的螺旋算法来得到吗？？

granvia · 发表于 Post on 2022-6-30 11:11:59

weishch6 发表于 2022-6-28 19:30
您好，我想问问您，是通过是通过类似sob老师的螺旋算法来得到吗？？

我只知道Manolopolos和Fowler提出的螺旋算法，但只是用来命名富勒烯的，不是用来构造的
Leapfrog是个很巧妙的算法，用来基于小富勒烯来构造大型富勒烯，而且能保持对称性，比如可以由Ih对称性的C20构造出Ih对称的C60，再由此以此构造出C180，C540等等

不知道有没有现成程序，否则需自己写个小程序实现一下

weishch6 · 发表于 Post on 2022-7-1 11:42:36

granvia 发表于 2022-6-30 11:11
我只知道Manolopolos和Fowler提出的螺旋算法，但只是用来命名富勒烯的，不是用来构造的
Leapfrog是个很 ...

好的，我可以试试看，谢谢您的建议

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