sobtop生成普通分子.top文件时出错

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-6-28 10:55:43

本帖最后由 shiyunfan 于 2022-6-28 12:15 编辑

分子的.mol2格式如下

1047.mol2 (7.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

2246.mol2 (6.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)
直接在windows环境下运行sobtop到指认原子类型那一步就会闪退
用Cmder运行sobtop时，到指认原子类型那步就会提示没有像（ 1）这样的原子类型，当我把.mol2文件中原子下面空格或者是数字和原子之间空格删掉的时候，重新载入.mol2文件就会直接闪退

我把mol2文件中的原子（仅原子不带数字）从上到下输入到了.txt文件中，在生成top文件之前指认了.txt文件中的原子类型（即sobtop中的-2选项），虽然sobtop屏幕上给出的原子类型不对，但接着往下算貌似给出了正确的.top文件和.itp文件

1047.itp (55.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

1047.top (334 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-28 15:01:27

本帖最后由牧生于 2022-6-28 15:07 编辑

1047是对了的，顺利得到itp
2246问题出在分子结构不对，需要使用gv打开时自动补氢，再存为mol2格式，再用sobtop就不会错了
但是电荷还要自己算

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-6-28 15:49:33

牧生发表于 2022-6-28 15:01
1047是对了的，顺利得到itp
2246问题出在分子结构不对，需要使用gv打开时自动补氢，再存为mol2格式，再用s ...

您好，我都是先用protoss补完氢原子然后计算完了RESP2电荷再转.gro .top .itp文件的
现在我这边的问题好像是sobtop它不能识别我.mol2文件下的原子进而没法指认它的原子类型
还有就是您方便让我看看您那边计算完了的1047的itp文件嘛

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-28 18:07:01

1047.itp (55.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2246.mol2 (3.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-6-28 19:15:13

牧生发表于 2022-6-28 18:07

我把原始sdf文件在pymol中保存成了mol2格式，原子前面的空格消失了，现在分子都能正常生成top和itp文件了，我对比了一下咱俩生成的1047.itp，是完全一样的，至于那个2246，我查看了原始结构，还是用protoss补完氢后的mol文件与原始结构一致，而且现在也能正常生成top和itp文件了，所以我想应该是原子前面空格的问题，但仍然非常感谢您

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-28 19:48:25

你的2246.mol2文件格式不规矩
拿其它程序诸如GaussView载入后重新产生mol2就完了

五月雨 · 发表于 Post on 2022-6-29 10:01:09

sobereva 发表于 2022-6-28 19:48
你的2246.mol2文件格式不规矩
拿其它程序诸如GaussView载入后重新产生mol2就完了

sob老师，我之前发现单个分子结构通过VMD生成的mol2文件载入sobtop就会闪退，通过GW倒是没问题。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 00:44:12

五月雨发表于 2022-6-29 10:01
sob老师，我之前发现单个分子结构通过VMD生成的mol2文件载入sobtop就会闪退，通过GW倒是没问题。

没有叫GW的程序
VMD生成的mol2文件不太规矩

Fencros7y · 发表于 Post on 2022-9-14 10:15:24

今天发现如果mol2文件的路径太长的话，sobtop生成top的时候也可能会闪退，这各原因可以筛查一下。

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[Sobtop] sobtop生成普通分子.top文件时出错

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