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[分子对接] 求助:分子对接时,应该选择柔性对接还是半柔性对接

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楼主
各位老师好,我想问一下在做分子对接时,应该优先选择柔性对接还是半柔性对接?
按理来说应该是柔性对接更符合实际,但是我看文献,相较柔性对接而言,半柔性对接会多一点,还是说需要根据配体来选择哪种对接方法?


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发表于 Post on 2022-6-29 01:13:49 | 只看该作者 Only view this author
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性,也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵,也有些情况是能估计出受体的柔性考虑与否对结果影响不大(比如根据结合位点的侧链特征、相关原子的B因子等),也有些情况是作者忽视了这个问题

顺带一提,为了最充分考虑受体的柔性,用半柔性对接时(以及用全柔性对接但受体柔性考虑充分程度有限时),有条件的情况最好还是对对接后的结构跑MD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 08:39:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-29 01:13
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性,也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵,也有些情况是能估计出 ...

好的,谢谢老师的回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-29 10:35:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-29 01:13
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性,也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵,也有些情况是能估计出 ...

老师,要是对接后跑MD的话,是不是之前的对接方法不是很重要?
我想的是,MD时,所有的原子都在动,就相当于柔性了

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发表于 Post on 2022-6-30 00:47:22 | 只看该作者 Only view this author
阿志 发表于 2022-6-29 10:35
老师,要是对接后跑MD的话,是不是之前的对接方法不是很重要?
我想的是,MD时,所有的原子都在动,就相 ...

对接会得到一大批复合结构,而做MD不可能每个都做,太耗时。通常只能选较重要的来用MD进一步refine/验证,通常都是从打分较高的里面选。如果对接做得太烂,对接的位点、打分次序都离谱,可能会导致选的是意义不大的结构做MD,可能跑很久也无法弛豫到真实的结合结构,甚至还可能配体跑飞了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-30 08:30:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-30 00:47
对接会得到一大批复合结构,而做MD不可能每个都做,太耗时。通常只能选较重要的来用MD进一步refine/验证 ...

知道了,谢谢老师

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