第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于8月13~16日于北京举办,是系统性学习分子动力学与GROMACS使用的最佳机会,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 351|回复 Reply: 1

[文献推荐] 模拟中的热浴选择及飞行冰块效应

[复制链接 Copy URL]

1418

帖子

1

威望

2249

eV
积分
3687

Level 5 (御坂)

喵星人

发表于 Post on 2022-7-4 12:50:33 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 喵星大佬 于 2022-7-4 13:13 编辑

飞行冰块效应(Flying Ice Cube Effect)是指模拟中动能分配出现错误导致动能分布偏离Maxwell-Boltzmann分布的情况,一般表现为热溶剂冷溶质

这篇JCTC研究了一下不同热浴对于动能分布的影响
对于理想气体的情况
202207041234152293..png
202207041234277999..png


对于接近凝聚相的情况

202207041234504864..png

202207041235016106..png



简单说下结论:

如果用Gromacs,可以使用Bussi-Parinello热浴(图中的CSVR,Gromacs里面写作tcoupl=V-rescale)或者Nosé-Hoover/Nosé-Hoover Chain热浴(tcoupl=nose-hoover,如果用NHC要设置nh-chain-length,默认=10,其实一般大于1即可以解决遍历性问题,但是必须使用Velocity-Verlet积分算法),或者使用Langevin热浴(即integrator=sd),当然,文章中没有测试的andersen或者andersen-massive热浴必然是正确的,但是和Langevin热浴一样,会导致传输性质完全错误,基本很少会使用


Berendsen热浴在气相模拟中和简单Velocity-Rescaling方法相同,虽然不至于产生完全错误的速度分布,RDF偏差也尚可接受,仍然不建议使用

在凝聚相模拟中,Berendsen热浴将产生完全错误的动能分布,RDF也会偏差明显,绝对不应该使用,此时基本的Velocity-Rescaling算法反而是相对正确
即使在均相体系中Berendsen热浴也不应该使用,非均相体系(比如水盒子中蛋白质等)更会出现离谱的情况,分别设置控温组依旧不可避免,所以在产生相中无论任何情况都不应该使用Berendsen热浴


J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5262--Anomalous Effects of Velocity Rescaling .pdf

1.48 MB, 下载次数 Times of downloads: 10

评分 Rate

参与人数
Participants 4
eV +20 收起 理由
Reason
j5888xm + 5 谢谢
snljty2 + 5 仰慕
鬼隐 + 5 仰慕QC猫
muuu2333 + 5 好物!

查看全部评分 View all ratings

30

帖子

0

威望

737

eV
积分
767

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-7-16 22:29:47 | 显示全部楼层 Show all
好物,强

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-8-12 00:58 , Processed in 0.477692 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list