大家好,我在使用 NBO 分析化学键时,注意到相同类型的原子(例如都是四取代的碳,或是各个氢原子) 在同一分子内或是不同分子间的 naturalatomic orbital (NAO) 是不全然相同的。这个现象直觉上可能是因为该原子的 effectiveshielding 被不同取代基的电负度影响所造成的。但是一方面该原子各个 NAO (1s, 2s, 2px…) 被影响的方式不尽相同 (有的NAO能量上升有的下降,如下表),另一方面我不太清楚这 “effectiveshielding” [size=13.3333px]此时该如何定量,所以想请教各位老师对于这现象有什麽看法。是否有个半定量或定性的方法可以直观的理解这些变化?我也试图找出 AOenergy 来比较,但是不清楚这个资讯在该如何从 Gaussian 或Orca 得到,想请老师帮忙。
下表是三个 ethyl halide (CH3-CH2-X, X = F, Cl, Br)的部分 NBO output (wB97X-D/6-31G(d,p)), 表中的 C1是甲基碳, C5 是卤素取代的碳。我以 NAO 31-33 为例,被 Br 取代的 C(1s) 和 C(3s)能量高于 F 取代的C(1s) 和 C(3s),但是 C(2s) 能量在C2H5Br 是较低的。以这样的结果看来,似乎电负度的差异并不能简单的解释这些能量变化。
这似乎是个基本的问题,但我把自己越搞越迷煳了。请教大家该如何理解 NAO (或是AO) 的能量。还是说这裡面有些是 NBO/NAO 原理中的 artifact 呢? NATURAL POPULATIONS: Natural atomic orbital occupancies: | | | | | C2H5F | | C2H5Cl | | C2H5Br | NAO | Atom | No | lang | Type(AO) | Occupancy | Energy | | Occupancy | Energy | | Occupancy | Energy | 1 | C | 1 | s | Cor( 1s) | 1.99947 | -10.16488 | | 1.99944 | -10.17305 | | 1.99943 | -10.17230 | 2 | C | 1 | s | Val( 2s) | 1.12407 | -0.29331 | | 1.11217 | -0.29651 | | 1.11035 | -0.29614 | 3 | C | 1 | s | Ryd( 3s) | 0.00033 | 1.29979 | | 0.00060 | 1.29689 | | 0.00059 | 1.31300 | 4 | C | 1 | s | Ryd( 4s) | 0.00002 | 4.52613 | | 0.00002 | 4.50540 | | 0.00003 | 4.50014 | 5 | C | 1 | px | Val( 2p) | 1.13776 | -0.10096 | | 1.14951 | -0.10870 | | 1.16276 | -0.11011 | 6 | C | 1 | px | Ryd( 3p) | 0.00163 | 0.65231 | | 0.00193 | 0.66161 | | 0.00189 | 0.66879 | 7 | C | 1 | py | Val( 2p) | 1.22221 | -0.10628 | | 1.18703 | -0.10975 | | 1.17393 | -0.10871 | 8 | C | 1 | py | Ryd( 3p) | 0.00125 | 0.69958 | | 0.00128 | 0.67190 | | 0.00134 | 0.66461 | 9 | C | 1 | pz | Val( 2p) | 1.26394 | -0.11037 | | 1.27002 | -0.11844 | | 1.27100 | -0.11853 | 10 | C | 1 | pz | Ryd( 3p) | 0.00097 | 0.71239 | | 0.00178 | 0.70969 | | 0.00192 | 0.70992 | 11 | C | 1 | dxy | Ryd( 3d) | 0.00118 | 2.40363 | | 0.00112 | 2.37866 | | 0.00104 | 2.35155 | 12 | C | 1 | dxz | Ryd( 3d) | 0.00011 | 2.02596 | | 0.00006 | 2.00796 | | 0.00008 | 2.02038 | 13 | C | 1 | dyz | Ryd( 3d) | 0.00139 | 2.45936 | | 0.00140 | 2.45443 | | 0.00137 | 2.44872 | 14 | C | 1 | dx2y2 | Ryd( 3d) | 0.00031 | 2.11851 | | 0.00035 | 2.12105 | | 0.00046 | 2.15093 | 15 | C | 1 | dz2 | Ryd( 3d) | 0.00096 | 2.32545 | | 0.00097 | 2.32260 | | 0.00098 | 2.32355 | | | | | | | | | | | | | | 31 | C | 5 | s | Cor( 1s) | 1.99916 | -10.25779 | | 1.99922 | -10.24536 | | 1.99926 | -10.24014 | 32 | C | 5 | s | Val( 2s) | 1.03626 | -0.27364 | | 1.11227 | -0.34220 | | 1.12715 | -0.35033 | 33 | C | 5 | s | Ryd( 3s) | 0.00256 | 1.25483 | | 0.00069 | 1.27535 | | 0.00102 | 1.26149 | 34 | C | 5 | s | Ryd( 4s) | 0.00005 | 4.47621 | | 0.00003 | 4.43888 | | 0.00001 | 4.42368 | 35 | C | 5 | px | Val( 2p) | 0.78062 | -0.05003 | | 0.91494 | -0.14839 | | 0.94664 | -0.16479 | 36 | C | 5 | px | Ryd( 3p) | 0.00530 | 0.65721 | | 0.00294 | 0.68429 | | 0.00266 | 0.69859 | 37 | C | 5 | py | Val( 2p) | 0.93684 | -0.07028 | | 1.12525 | -0.13833 | | 1.14292 | -0.13957 | 38 | C | 5 | py | Ryd( 3p) | 0.00231 | 0.68950 | | 0.00171 | 0.68003 | | 0.00213 | 0.67281 | 39 | C | 5 | pz | Val( 2p) | 1.22166 | -0.10745 | | 1.28422 | -0.14408 | | 1.28744 | -0.14360 | 40 | C | 5 | pz | Ryd( 3p) | 0.00235 | 0.77841 | | 0.00219 | 0.76668 | | 0.00216 | 0.75922 | 41 | C | 5 | dxy | Ryd( 3d) | 0.00163 | 2.34971 | | 0.00161 | 2.18807 | | 0.00126 | 2.18396 | 42 | C | 5 | dxz | Ryd( 3d) | 0.00083 | 2.06332 | | 0.00064 | 1.93838 | | 0.00053 | 1.95467 | 43 | C | 5 | dyz | Ryd( 3d) | 0.00219 | 2.46677 | | 0.00170 | 2.49020 | | 0.00169 | 2.50679 | 44 | C | 5 | dx2y2 | Ryd( 3d) | 0.00161 | 2.17107 | | 0.00128 | 2.01825 | | 0.00116 | 2.03313 | 45 | C | 5 | dz2 | Ryd( 3d) | 0.00104 | 2.31021 | | 0.00128 | 2.23409 | | 0.00118 | 2.25032 |
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