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[ORCA] QM/MM计算数值频率活动区域的影响?

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发表于 Post on 2022-7-5 11:08:18 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 sylar 于 2022-7-5 11:11 编辑

请教各位老师,目前已经用QM/MM完成了一个酶促反应的过渡态定位,优化了反应物和产物状态的结构,现在想算数值频率,进行零点能和热力学校正,在结构优化过程中,允许活动的区域是QM区域10埃以内的所有氨基酸。
现在遇到的问题是,如果维持这个活动区域,数值频率要计算一万多次梯度,如果仅允许QM区域活动,则只需要500多次,所以过渡态在仅允许QM区域活动条件下确定唯一虚频,使用XTB进行测试,发现活动区域不一样,得到的校正能量也不一样
请问:
1.如何理解MM区域允许活动范围对校正能量的影响?
2.我应该看哪些文献或教材?

谢谢各位老师!

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发表于 Post on 2022-7-5 15:17:13 | 显示全部楼层 Show all
严格的做法是所有被优化的原子都做displacement,但是正如你所说,这样计算量太大了,所以几乎没人这么做。一般大家还是只displace QM区,这样会引入一些误差,但是因为也没有更好的办法,大家一般就忍了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 20:13:46 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-7-5 15:17
严格的做法是所有被优化的原子都做displacement,但是正如你所说,这样计算量太大了,所以几乎没人这么做。 ...

原来如此,谢谢老师回答

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发表于 Post on 2022-7-6 02:50:55 | 显示全部楼层 Show all
顺带一提,如果是Gaussian的ONIOM(QM:MM),是有解析梯度的(ORCA的ONIOM对这点的实现情况我没了解过)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-6 20:28:46 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-7-6 02:50
顺带一提,如果是Gaussian的ONIOM(QM:MM),是有解析梯度的(ORCA的ONIOM对这点的实现情况我没了解过)。

谢谢社长,orca让我以为混合体系压根不能解析梯度

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发表于 Post on 2022-7-7 03:27:26 | 显示全部楼层 Show all
sylar 发表于 2022-7-6 20:28
谢谢社长,orca让我以为混合体系压根不能解析梯度

前面笔误,对于DFT是有解析Hessian的,不仅限于解析梯度。所以ONIOM(QM:MM)在Gaussian里做opt freq没压力

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