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[CASTEP/Dmol3/MS] 求助:Linux CASTEP (非MS下模块)结构优化如何可视化优化结构的原子位置等信息?

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发表于 Post on 2022-7-5 14:01:39 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
申请到了CASTEP的license,经过晶体结构优化后,CASTEP只支持输出.geom 文件。所以应该如何可视化结构优化后的原子位置等信息?


类似地,在MS中的castep模块进行结构优化,可以可视化.xsd文件;如果用vasp的话可以生成CONTCAR。


所以,如果用CASTEP做晶体的结构优化,如何能够得到优化后的晶格结构信息(类似于CONTCAR文件)呢?


欢迎留言,十分感谢。


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减肥好痛苦

发表于 Post on 2022-7-5 19:27:27 | 显示全部楼层 Show all
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 21:23:07 | 显示全部楼层 Show all
ABetaCarw 发表于 2022-7-5 19:27
http://www.castep.org/CASTEP/OtherCodes

好的 非常感谢。我现在还有个问题就是castep输入的文件里面没有优化后的原子坐标文件。请问您遇到相同的情况吗?

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发表于 Post on 2022-7-7 09:44:03 | 显示全部楼层 Show all
AustraliaSucks 发表于 2022-7-5 21:23
好的 非常感谢。我现在还有个问题就是castep输入的文件里面没有优化后的原子坐标文件。请问您遇到相同的 ...

请问,最后结构用哪个软件来可视化的?

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发表于 Post on 2022-7-28 16:15:47 | 显示全部楼层 Show all
可以试试用这个Python的包ASE(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/),它也有自带的图形界面(命令行输入 ase gui 【文件名】即可打开)。CASTEP优化后会生成一个*.geom文件,打开就可以看到优化过程中结构的变化,提取最后一个结构即为优化结构。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-1 22:54:35 | 显示全部楼层 Show all
PoorChaos 发表于 2022-7-7 09:44
请问,最后结构用哪个软件来可视化的?

不好意思,前些日子我不能评论自己的帖子
我看到官网上有这个文件的介绍(https://www.tcm.phy.cam.ac.uk/castep/Geom_Opt/node21.html),然后有脚本能够转换成.xyz文件(https://www.onetep.org/Main/Utilities),希望能够帮到你。
另外楼下的ASE package也能够可视化,你可以尝试编译一下ase,然后试下。

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PoorChaos + 2 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-1 22:55:27 | 显示全部楼层 Show all
wangyh 发表于 2022-7-28 16:15
可以试试用这个Python的包ASE(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/),它也有自带的图形界面(命令行输入 ase gu ...

好的 非常感谢 我会尝试一下

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发表于 Post on 2022-8-2 01:41:53 | 显示全部楼层 Show all
AustraliaSucks 发表于 2022-8-1 22:54
不好意思,前些日子我不能评论自己的帖子
我看到官网上有这个文件的介绍(https://www.tcm.phy ...

谢谢!!

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