已解决：Gromacs2020.6编译过程出错

含光君

各位老师好！我在尝试编译GPU加速版本的Gromacs2020.6时参考了sob老师博文http://sobereva.com/457，在最后一步make install -j
遇到了如下报错：


此机器系统是CentOS8，gcc版本8.5.0，cmake版本3.20.2，fftw库版本3.3.10，cuda版本11.0
因为希望利用GPU加速计算故参照http://bbs.keinsci.com/thread-26798-1-1.html二楼所说选择编译gmx2020.6

通过各种方法查找资料初步判断是加载mkl动态连接库时出错，提示缺少了
libmkl_intel_lp64.so.2，libmkl_sequential.so.2，libmkl_core.so.2


起初以为是没有安装mkl库所致，所以按照sob老师http://sobereva.com/562博文安装了mkl库，依然不能解决遇到的问题，
并且在mkl库中也只在/opt/intel/mkl/lib/intel64目录下找到了libmkl_intel_lp64.so，libmkl_sequential.so，libmkl_core.so文件，并无报错提示所谓的libmkl_intel_lp64.so.2，libmkl_sequential.so.2，libmkl_core.so.2，
希望有老师帮忙看一下这是怎么回事，谢谢！

Entropy.S.I

别用CentOS了，尤其是8，早已停止支持。可以用Rocky Linux或Ubuntu，自带的环境更阳间

GMX 2020的最新子版本是2020.7

编译过程也可参考我去年写的在Ubuntu 20.04.2 LTS上安装CUDA Toolkit、GROMACS

含光君

Entropy.S.I 发表于 2022-7-5 20:36
别用CentOS了，尤其是8，早已停止支持。可以用Rocky Linux或Ubuntu，自带的环境更阳间

GMX 2020的最新子 ...

好的谢谢！我来尝试一下~

sobereva

我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

含光君

sobereva 发表于 2022-7-6 02:22
我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

谢谢卢老师的回复！我再仔细跟着博文编译一遍看看有没有哪里操作有误~

含光君

sobereva 发表于 2022-7-6 02:22
我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

卢老师说的没错，在cmake一步添加

-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

命令时，误将-DGMX_GPU=ON输入为-DGMX_GPU=CUDA（博文中指出后者适用于GROMACS >= 2021版本）

而此前错误步骤在cmake时未察觉到明显报错，所以在make install阶段报错让我判断错了问题的原因。

最后非常sorry是我自己没看清楚博文内容按照指示出现了错误占用了大家时间，尤其是上期参加gmx培训班时候sob老师也讲过严格按照博文指示不会有问题，之后一定会注意。

yixiansheng

你好，我编译CPU版本也出现这个问题。是在我编译GPU版本失败之后出现的，并且我也DGMX_GPU=OFF了。失败的原因和你一样，但是我改成ON之后还是不行。请问你怎么解决的