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[CP2K] 求助计算三层C3N4的AIMD时层与层之间位移较大

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诸位老师好,最近我在用CP2K对g-C3N4进行AIMD模拟时,发现三层的C3N4模型中(请见下图)层与层之间位移较明显,不知道是什么原因,也不清楚怎么处理。
我是用Multiwfn产生的输入文件(见附件),使用PBE加了DFT-D3(BJ)校正,1 fs/步,初步模拟了5 ps。

cn-zhi-121-1.5-2.jpg (55.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

初始构型侧视图

初始构型侧视图

cn-zhi-121-1.5-1.jpg (254.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

初始构型俯视图

初始构型俯视图

最后一帧.png (124.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

AIMD结果最后一帧

AIMD结果最后一帧

第一帧.png (116.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

AIMD结果第一帧

AIMD结果第一帧

cn-zhi-121-1.5-pbe-md.inp

12.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

AIMD输入文件

轨迹.part1.rar

9 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

轨迹第一部分

轨迹.part2.rar

7.21 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

轨迹第二部分

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发表于 Post on 2022-7-7 04:17:35 | 只看该作者 Only view this author
位移是必然的现象。石墨每层之间是位错的也是相同的本质,因为位错可以减小层间静电互斥。18碳环二聚体也是彼此位错的,可以用表面静电势互补来直观解释,见下文
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html

C3N4的电荷分布交替特征比石墨还显著得多,这种位错现象无疑会更明显。
另外,观看这种体系时应当用正交视角,不要用默认的透视,否则远处近处原子的排列关系看不清楚

另外,当前模拟的X、Y方向尺寸偏小,建议各扩一倍

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-7 08:32:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-7 04:17
位移是必然的现象。石墨每层之间是位错的也是相同的本质,因为位错可以减小层间静电互斥。18碳环二聚体也是 ...

十分感谢sob老师的解答!看完老师的解释,我能否这样理解:C3N4自身的性质决定了它在这个AIMD的模拟中就是会发生逐渐平移滑开的客观现象,不能通过外在设置进行人为干涉,也不应该人为干涉。

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发表于 Post on 2022-7-8 05:14:30 | 只看该作者 Only view this author
ljc050512 发表于 2022-7-7 08:32
十分感谢sob老师的解答!看完老师的解释,我能否这样理解:C3N4自身的性质决定了它在这个AIMD的模拟中就 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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