xtb限制性搜索构象出问题，没法冻结原子

夜千 · 发表于 Post on 2022-7-7 13:49:09

各位老师好，我利用xtb进行构象搜索，需固定60%以上原子，输入文件为
$md
temp= 400
time= 100.0
dump= 50.0
step= 1.0
hmass=1
shake=1
$fix
atoms:1-214,239
force constant=0
$end

其中，输出文件如下。下方的大体系就是我固定部分，但是一直在震荡，请问哪里写错了呢

CYQ@ · 发表于 Post on 2022-8-23 21:24:27

XTB好像跑md没法固定，优化可以固定，但是可以用强限制达到固定效果

WaterMirror · 发表于 Post on 2024-11-13 21:32:30

CYQ@ 发表于 2022-8-23 21:24
XTB好像跑md没法固定，优化可以固定，但是可以用强限制达到固定效果

您好，请问什么叫强制限制呢?是fix关键词吗？这个跑MD就会自动失效呀好像。

低头问花花不语 · 发表于 Post on 2025-7-30 15:47:35

MD需要用constrian关键词，结构优化可以用fix

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[xtb] xtb限制性搜索构象出问题，没法冻结原子