求助gromacs跑模型，lock分子结构的问题

yuyao_yang · 发表于 Post on 2022-7-8 16:29:19

求问，如果计算了一个分子的激发态结构，现在把它的结构完全的lock住，然后模拟它在溶剂中的动力学过程是可行的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-9 04:17:09

我不知道你说的lock是什么意思
如果你想用经典力场模拟激发态动力学，通常需要对激发态势能面拟合力场参数。
如果电子激发只影响局部区域，而且这部分是刚性的，而且电子激发并不影响其它区域结构变化对应的势能面，那么可以对激发态做振动分析，通过sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）构造拓扑文件时，要求电子激发涉及的那部分原子用sobtop基于m或m2Seminario方法基于激发态的Hessian算的力常数，而其它部分用GAFF或其它适合的参数。

yuyao_yang · 发表于 Post on 2022-7-13 17:22:46

谢谢sob的回复，前几天发不了帖子。
我之前说的lock大概就是我想把这个已经算好的激发态结构完全认为是rigid的，只让他在溶剂里转动或者平动，但是本身不再做任何变化，请问这需要用constrain的方式吗？

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