关于RMSD 和RMSF 与刚性/柔性的问题

azero · 发表于 Post on 2022-7-12 20:55:45

本帖最后由 azero 于 2022-7-12 20:56 编辑

投了一个酶分子热稳定性改造的文章。然后审稿人的意见这样的，
标红那句话的确是对的，RMSF和RMSD两个指标只能说明突变体与初始状态的偏离程度较小。
但是传统做酶热稳定性改造的MD套路都是这样的，
请教该如何修改或回复比较好（主要是标红那句的问题）。

18217265596 · 发表于 Post on 2022-7-13 10:11:18

rmsd的周期波动和rmsf的绝对值能说明柔性

azero · 发表于 Post on 2022-7-15 09:20:57

18217265596 发表于 2022-7-13 10:11
rmsd的周期波动和rmsf的绝对值能说明柔性

能不能再详细解释，还是不太明白T_T，谢谢

sylar · 发表于 Post on 2022-7-15 11:14:48

他的意思是RMSD不能说明是否刚性，你只说lower RMSF means a more rigid structure我感觉没什么问题

azero · 发表于 Post on 2022-7-15 17:15:07

sylar 发表于 2022-7-15 11:14
他的意思是RMSD不能说明是否刚性，你只说lower RMSF means a more rigid structure我感觉没什么问题

审稿人真是鸡蛋里挑骨头

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2022-8-18 18:55:53

azero 发表于 2022-7-15 17:15
审稿人真是鸡蛋里挑骨头

审稿人说的没错

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[综合交流] 关于RMSD 和RMSF 与刚性/柔性的问题

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