CP2K-singularity镜像分享

neocc · 发表于 Post on 2022-7-14 20:45:37

wth1219 发表于 2022-7-14 01:30
将相应的基组、赝势文件与输入文件置于同一目录下，在输入文件的BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NA ...

好的，谢谢老师的指导

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-7-15 10:45:23

非常感谢楼主的分享！我在使用的时候遇到了一个问题：我用root账号把cp2k91_avx2.sif放到了/opt目录下，输入文件test也放到了同一个目录下，使用运行脚本运行报错：提示找不到输入文件。请问老师这个怎么解决呢？
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* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/ The specified OLD file </opt/test.inp> cannot be opened. It does  *
* |          not exist. Data directory path: /opt/cp2k-9.1/data       *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                                 common/cp_files.F:395 *
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neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 09:34:43

ljc050512 发表于 2022-7-15 10:45
非常感谢楼主的分享！我在使用的时候遇到了一个问题：我用root账号把cp2k91_avx2.sif放到了/opt目录下，输 ...

把/opt映射给singularity

singularity exec --bind /opt /opt/cp2k91.sif cp2k.popt -i /opt/cp2k.inp -o /opt/cp2k.out

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-8-8 19:25:26

neocc 发表于 2022-8-8 09:34
把/opt映射给singularity

singularity exec --bind /opt /opt/cp2k91.sif cp2k.popt -i / ...

谢谢！我去试试看。

Zhangpc · 发表于 Post on 2022-8-11 16:42:08

您好，想请教您：我在管理节点顺利运行，但是在计算节点报错：[proxy:0:0@node32] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:811): execvp error on file singularity (No such file or directory)。管理节点的singularity是yum安装，计算节点好像找不到singularity，是不是应该源码装一个singularity，再在计算节点上指定路径呢，谢谢

djjj148 · 发表于 Post on 2022-8-12 10:33:29

Zhangpc 发表于 2022-8-11 16:42
您好，想请教您：我在管理节点顺利运行，但是在计算节点报错： HYDU_create_process (../../utils/launch/l ...

在每个计算节点上yum安装，如果计算节点不联网，走管理节点的网络代理

ghifi37 · 发表于 Post on 2022-8-14 19:04:56

本帖最后由 ghifi37 于 2022-8-14 21:19 编辑

请问楼主是不是没编译libxc？我用PBE正常运行，用到libxc的就报unknown subsection LIBXC of section XC_FUNCTIONAL。直接docker pull 的也报相同错。但总觉得不应该啊，自己用toolchain编译的和官网的cp2k.ssmp都能用libxc。

弄明白了，我的错，cp2k从8到2022更改了相关输入文件的格式。

nianbin · 发表于 Post on 2022-9-21 11:20:31

哥哥使用方法能不能详细介绍下比如SIF文件复制到哪里，怎么执行mpirun，谢谢

abin · 发表于 Post on 2022-9-21 16:26:42

nianbin 发表于 2022-9-21 11:20
哥哥使用方法能不能详细介绍下比如SIF文件复制到哪里，怎么执行mpirun，谢谢

你可以看看鄙人写的一个简介。

http://t.csdn.cn/M5zUq

12342234 · 发表于 Post on 2022-10-14 11:45:45

向大家请教一下我用singularity exec --bind /home /soft/cp2k/cp2k71.sif 命令运行CP2K后遇见的问题：
/run/media/root目录下会产生很多disk*的文件夹（内部为镜像的文件夹），1是否可以删除 2是否可以避免再次产生这种文件夹

djjj148 · 发表于 Post on 2022-10-26 11:20:37

2022.2出了，做成镜像后随便用一个中等计算量的inp测试了一下，发现比2022.1还慢。本来2022.1就比9.1慢一点。

测试可能不严谨，结果仅供参考

nianbin · 发表于 Post on 2022-11-9 20:52:59

请问下有了这个镜像接下来该怎么进行安装以及使用呀

neocc · 发表于 Post on 2022-11-17 01:19:14

能否麻烦楼主尝试制作一个ubuntu20.04版的singularity的cp2k2022.2版sif镜像。

因为ubunt默认的dash好多坑，直接拿centos发行版制作的sif镜像还不能直接用

djjj148 · 发表于 Post on 2022-11-17 08:48:29

neocc 发表于 2022-11-17 01:19
能否麻烦楼主尝试制作一个ubuntu20.04版的singularity的cp2k2022.2版sif镜像。

因为ubunt默认的dash好多 ...

已在首页更新，可自取~

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-4-11 14:30:57

膜拜大神！请问将你最终编译好的sif镜像文件上传到系统（无root权限）后，直接用脚本提交任务就能用了吗？应该从你这个帖子的哪一步开始？http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25773&fromuid=15641

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