使用Dragon计算分子描述符的聚合物该使用几个链结或使用什么精度的基组泛函进行优化

杲杲出日 · 发表于 Post on 2022-7-18 17:06:05

需要计算的聚合物分子单链结的分子量为300左右，尝试使用过PM7进行优化但结果一眼而知是错误的。那么我该选取几个链结，在什么精度下优化这些聚合物后，对Dragon计算出的分子描述符结果影响不大？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-18 17:41:32

结果具体在什么方面是错误的？有可能并不是因为PM7的误差，而是因为没考虑溶剂或者没考虑聚合物周边环境

杲杲出日 · 发表于 Post on 2022-7-18 18:03:06

本帖最后由杲杲出日于 2022-7-18 18:06 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-18 17:41
结果具体在什么方面是错误的？有可能并不是因为PM7的误差，而是因为没考虑溶剂或者没考虑聚合物周边环境

老师这是我分别在B3LYP/6-31G*和PM7下优化的单链结PM6分子结构，二者的关键词中都没有考虑溶剂效应与周边环境。B3LYP的优化结果主链稠环基本在一个平面上，符合原文中提供的分子结构图例

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-18 18:43:16

杲杲出日发表于 2022-7-18 11:03
老师这是我分别在B3LYP/6-31G*和PM7下优化的单链结PM6分子结构，二者的关键词中都没有考虑溶剂效应与周边 ...

气相中非平面未必是错误的，因为一般人研究这类材料只在固相、溶液相里面做表征，很难表征这类分子在气相是不是平面。典型例子如联苯，固相共平面，但气相有40多度的二面角。

杲杲出日 · 发表于 Post on 2022-7-18 18:58:02

wzkchem5 发表于 2022-7-18 18:43
气相中非平面未必是错误的，因为一般人研究这类材料只在固相、溶液相里面做表征，很难表征这类分子在气相 ...

谢谢老师！这种不同的结构计算出来的分子描述符势必存在较大的误差，对我之后的工作可能会存在影响。另外在支链较多较长的分子结构中，PM7优化的结果中其支链总是有靠近纠缠的趋势，而不是像B3LYP一样向空间伸展

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-18 19:20:13

杲杲出日发表于 2022-7-18 11:58
谢谢老师！这种不同的结构计算出来的分子描述符势必存在较大的误差，对我之后的工作可能会存在影响。另外 ...

B3LYP加色散校正了吗？如果没加的话，加上再算。PM7包括了色散（虽然不是很准），B3LYP没有色散，所以对于色散作用比较重要的体系，B3LYP可能还不如PM7准。另外建议加溶剂模型，并做构象搜索

杲杲出日 · 发表于 Post on 2022-7-18 19:44:41

wzkchem5 发表于 2022-7-18 19:20
B3LYP加色散校正了吗？如果没加的话，加上再算。PM7包括了色散（虽然不是很准），B3LYP没有色散，所以对 ...

好的谢谢老师，我去试试。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:57:42

B3LYP当前不仅不是正确的，反倒是明显定性错误的。仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

杲杲出日 · 发表于 Post on 2022-7-19 15:54:43

sobereva 发表于 2022-7-19 14:57
B3LYP当前不仅不是正确的，反倒是明显定性错误的。仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化 ...

收到谢谢社长

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[Gaussian/gview] 使用Dragon计算分子描述符的聚合物该使用几个链结或使用什么精度的基组泛函进行优化