求助看轨迹时蛋白质突然闪现出去，然后立马归位问题

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-19 09:39:38

这两天用gromacs跑了一个50ns的蛋白质和小分子，过程无报错。但是在查看轨迹的时候，蛋白质突然闪现出去，然后立马归位，小分子还是保持在原位不变，然后提取了一下蛋白相对于小分子的rmsd，发现里面有7次闪现，出现在35到50ns之间，其他时候都非常温度。请教一下大家，这个问题是什么原因引起的，怎么解决，还是直接忽略。轨迹闪现会影响结合自由能的计算吗。谢谢各位老师解答

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-19 09:55:16

可能是周期性边界条件的问题，处理的时候保证蛋白质完整，把蛋白质放到了其他盒子，小分子留在原来的位置，如果是这种情况就不影响结合自由能计算。

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-19 10:14:33

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-19 09:55
可能是周期性边界条件的问题，处理的时候保证蛋白质完整，把蛋白质放到了其他盒子，小分子留在原来的位置， ...

请问那这种情况如何处理轨迹，使rmsd看起来比较平稳呢

frank666 · 发表于 Post on 2022-7-19 10:30:33

可以用-pbc nojump处理试试

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-7-19 11:44:28

修正下轨迹就好了，可能蛋白出了跳刀

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:25:35

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
看上文中处理轨迹部分的说明

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-20 09:42:57

frank666 发表于 2022-7-19 10:30
可以用-pbc nojump处理试试

好的谢谢，我去试试

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-20 09:50:39

sobereva 发表于 2022-7-19 14:25
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

谢谢sobereva大大

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-20 09:51:01

喵星大佬发表于 2022-7-19 11:44
修正下轨迹就好了，可能蛋白出了跳刀

好的好的，感谢

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