（已解决）AmberTools20及gmx_mmpbsa安装相关疑问

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-20 18:51:32

uenh1998 发表于 2022-7-20 16:34
首先谢谢您的建议，按你说的指令安装完成后，将我之前做的相应需要的文件拷贝过来后，运行gmx_mmpbsa试算 ...

你这个我也不知道哇

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-20 18:54:34

uenh1998 发表于 2022-7-20 14:29
这个安装方法有网址说嘛，我貌似没找到

就是官网copy的，canda、pip那个地方，等他显示完整。不好好看官网

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-20 21:14:10

dzdhp 发表于 2022-7-20 18:54
就是官网copy的，canda、pip那个地方，等他显示完整。不好好看官网

按官网上conda方法执行了所有的命令，没有报明显的错误，但是在执行计算时出现了如图的错误。这次又摸不到头脑了，还请大佬指点一下（Linux系统我太菜了，只会一些基本的操作。。。）
参数文件mmpbsa.in已上传。

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-21 08:53:17

uenh1998 发表于 2022-7-20 21:14
按官网上conda方法执行了所有的命令，没有报明显的错误，但是在执行计算时出现了如图的错误。这次又 ...

gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cp complex.top -ci index.ndx -cg 11 12 -ct no_pbc.xtc -o energy.dat
其实我也不是很懂，感觉是指令有问题，你试试这个

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-21 15:44:27

dzdhp 发表于 2022-7-21 08:53
gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cp complex.top -ci index.ndx -cg 11 12 -ct no_pbc.xtc -o en ...

谢谢你的帮助，刚才折腾了一会，把官网指令全copy一遍终于弄好了！

nanlio · 发表于 Post on 2023-4-16 18:31:31

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4

您好，请问为什么我pip老是报错呢？

显示ERROR: Failed building wheel for ParmEd

jim · 发表于 Post on 2023-10-14 19:26:36

nanlio 发表于 2023-4-16 18:31
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4

您好，请问为什 ...

今天白天我装也没成功，晚上打开后进入gmxMMPBSA文件目录，再输入这个命令，好像可以了，可以参考。

dxf · 发表于 Post on 2024-6-28 12:46:37

dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18
看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自 ...

https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4
你好，这个链接点进去失效了，也在文件夹中找不到，请问应该用什么替换呀

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