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楼主 Author: Jam_
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[GROMACS] 如何计算pull的参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-2 21:34:33 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2023-2-28 20:59
可以问一下楼主,pull_k参数的理论值怎么计算的吗?

这个有点复杂的,你找下公式,我记得要从做功方面的公式,具体忘了,大半年前的推导了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-2 21:36:08 | 只看该作者 Only view this author
zyp1999 发表于 2023-2-28 20:59
可以问一下楼主,pull_k参数的理论值怎么计算的吗?

我看你问的问题和我们课题组做的类似,如果不介意可以加我微信,我把公式推导发你qqq_3063

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发表于 Post on 2023-9-6 16:30:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qmlearner 于 2023-9-6 16:33 编辑
Jam_ 发表于 2022-7-24 16:50
感谢,这个问题解决了。
跑出来结果很不理想,感觉像没施加到压力。水通量也是随时间呈显倒流,我猜测是 ...

楼主好,我的体系跟你的相似,在一个石墨烯板上加相当于一个大气压的力,另一个石墨烯板上加比较的大的力,两个板上的力是相对方向。跑了差不多1 nm,并没有出现像文献中那样较小压力一侧的石墨烯板被挤压的后退的现象。能否请教一下楼主最后是调的哪些参数解决的吗?

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发表于 Post on 2023-12-25 19:17:20 | 只看该作者 Only view this author
Jam_ 发表于 2022-7-26 14:27
感谢感谢,我自己试了几天参数设置问题,跑出来的结果终于正确了。
谢谢老师的解答,太感谢了

能请教下这个问题最后是出在哪里吗?我出现了类似的情况,体系为石墨烯板加甲烷,甲烷类似于您说的水分子,出现了倒退的现象,并没有呈现正常的”压缩“现象

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发表于 Post on 2024-5-11 12:17:18 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y,2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件,石墨烯板子布满 ...

这位老师真热心

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发表于 Post on 2024-5-21 10:04:14 | 只看该作者 Only view this author
Jam_ 发表于 2023-3-2 21:36
我看你问的问题和我们课题组做的类似,如果不介意可以加我微信,我把公式推导发你qqq_3063

楼主,请问您的水通量问题最后是怎么解决的?我最近也遇到了类似的问题

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发表于 Post on 2024-5-21 15:26:29 | 只看该作者 Only view this author
qmlearner 发表于 2023-9-6 16:30
楼主好,我的体系跟你的相似,在一个石墨烯板上加相当于一个大气压的力,另一个石墨烯板上加比较的大的力 ...

这个问题我也遇到了,请问您解决了吗

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