如何计算pull的参数

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-20 22:10:14

请问如何计算pull里的参数我目的是在模拟的方盒两侧加上石墨烯板子，然后使用pull模块施加压力
但是里面的pull_k参数不清楚怎么设置

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-21 10:31:08

这个参数多大与pull的对象有关，太小可能几乎没有影响，太大会导致体系崩溃，一般情况下具体数值需要做测试得到，如果完全相同的体系已经有其他人做过了，可以参考其参数设置。

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-21 23:10:51

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-21 10:31
这个参数多大与pull的对象有关，太小可能几乎没有影响，太大会导致体系崩溃，一般情况下具体数值需要做测试 ...

谢谢，我自己计算了得出理论值。
不知道哪里有最新版的pull模块教程，我发现现版本的pull模块不能用旧版本参数了

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-22 12:34:29

https://manual.gromacs.org/docum ... ns.html#com-pulling
参考手册，一般需要设置的参数有pull pull-ngroups pull-ncoords pull-group1-name pull-coord1-type pull-coord1-geometry pull-coord1-groups pull-coord1-dim pull-coord1-start pull-coord1-init pull-coord1-rate pull-coord1-k

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-23 15:51:27

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-22 12:34
https://manual.gromacs.org/documentation/2022/user-guide/mdp-options.html#com-pulling
参考手册，一 ...

感谢，我设置成功了，成功跑起来了，但是还有个问题，就是新版的pull-coord1-k只能设置一个力，怎么对不同模块的不同力进行设置file:///C:/Users/Jam/Desktop/QQ%E5%9B%BE%E7%89%8720220723154932.png

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-23 18:05:26

Jam_ 发表于 2022-7-23 15:51
感谢，我设置成功了，成功跑起来了，但是还有个问题，就是新版的pull-coord1-k只能设置一个力，怎么对不 ...

如果要设置多个反应坐标，应该修改数字
例如：pull-coord1... pull-coord2... pull-coord3...
然后分别设置每个反应坐标的约束

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-23 19:39:45

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 18:05
如果要设置多个反应坐标，应该修改数字
例如：pull-coord1... pull-coord2... pull-coord3...
然后分别 ...

感谢回答，我先前也尝试过pull-coord1...pull-coord2...设置，但是还是不能正常运行，这让我很疑惑

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-23 20:11:41

pull                   = yes
pull_ncoords          = 2
pull_ngroups          = 3
pull_group1_name       = A
pull_group2_name       = B
pull_group3_name       = C
pull_coord1_type       = umbrella
pull_coord1_geometry    = distance
pull_coord1_dim       = Y Y Y
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_init       = 10.0
pull_coord1_rate       = 0.0
pull_coord1_k          = 1000
pull_coord2_type       = umbrella
pull_coord2_geometry    = distance
pull_coord2_dim       = Y Y Y
pull_coord2_groups    = 1 3
pull_coord2_init       = 10.0
pull_coord2_rate       = 0.0
pull_coord2_k          = 500
这是我用的一段pull设置，下划线和减号应该都可以

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-23 22:33:11

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 20:11
pull                   = yes
pull_ncoords          = 2
pull_ngroups          = 3

感谢，我很纳闷，我设置的和你差不多，为什么我的就是报错

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-23 23:02:57

Jam_ 发表于 2022-7-23 22:33
感谢，我很纳闷，我设置的和你差不多，为什么我的就是报错

pull_ncoords默认是1，所以所有pull_coord2...都没有被识别
应该设置pull_ncoords为2，然后设置两个一样的反应坐标，分别加约束

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-23 23:28:55

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:02
pull_ncoords默认是1，所以所有pull_coord2...都没有被识别
应该设置pull_ncoords为2，然后设置两个一样 ...

感谢解答，添加坐标后确实没问题了。但是又有新的问题，我从字面理解是盒子不够大，我重新设置盒子大小一样不能避免

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-7-23 23:57:43

Jam_ 发表于 2022-7-23 23:28
感谢解答，添加坐标后确实没问题了。但是又有新的问题，我从字面理解是盒子不够大，我重新设置盒子大小一 ...

设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满了XY平面，所以XY方向上质心可以在任何位置，这样就无法计算了，但是因为施加的质心牵引只有Z方向的，所以XY方向可以不算。

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-24 16:50:03

本帖最后由 Jam_ 于 2022-7-24 16:51 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满 ...

感谢，这个问题解决了。
跑出来结果很不理想，感觉像没施加到压力。水通量也是随时间呈显倒流，我猜测是因为溶液渗透的原因。
mdp文件上面是用Pull模块，下面使用acc模块。
第一个图是模拟前，第二个图是模拟5ns之后，由于涉及隐私，我把主要的部分打上码，望见谅。
现在跑这个体系遇到最大问题就是无法复现文献的数据，acc模块相差10倍，pull模块水分子倒流（见图）

Jam_ · 发表于 Post on 2022-7-26 14:27:33

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-23 23:57
设置pull_coord1_dim = N N Y，2也一样
这个提示是因为计算质心需要考虑周期性边界条件，石墨烯板子布满 ...

感谢感谢，我自己试了几天参数设置问题，跑出来的结果终于正确了。
谢谢老师的解答，太感谢了

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-2-28 20:59:24

Jam_ 发表于 2022-7-21 23:10
谢谢，我自己计算了得出理论值。
不知道哪里有最新版的pull模块教程，我发现现版本的pull模块不能用旧版 ...

可以问一下楼主，pull_k参数的理论值怎么计算的吗？

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