求助gmx_MMPBSA对轨迹文件的要求

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-21 16:28:35

今天试着对之前跑的蛋白配体复合物做gb能量分解计算，命令为gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 19 -ct md.xtc -lm cht.mol2 -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv 但是出现了第二张图的错误，看.log文件好像是xtc文件的问题，打开log文件，对错误地方的描述是第一张图。xtc文件是md模拟时的轨迹文件，没有经过后续处理，想问下各位老师，gmx_MMPBSA对轨迹文件有没有什么要求呢？

frank666 · 发表于 Post on 2022-7-21 21:30:03

试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-22 00:16:04

用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:26:08

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

Amber14SB+GAFF

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:26:55

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

谢谢！我试试

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-22 08:28:04

frank666 发表于 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

谢谢！我试试

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-7-22 11:23:09

frank666 发表于 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

会出这样的错，这个在mmpbsa.log里没有相关的说明，这个更奇怪了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助gmx_MMPBSA对轨迹文件的要求

浏览过的版块