关于DeePMD-Kit支持CP2K的数据格式的一个疑问(已解决)

joeson · 发表于 Post on 2022-7-23 15:01:13

本帖最后由 joeson 于 2022-7-24 21:32 编辑

DeePMD-Kit数据转化支持的格式有一个是CP2K的aimd_output，请问这个格式如何得到？

已解决：原来就是指需要AIMD的.xyz与包含受力的.log文件。在github上有人回复是用这两个文件转化成一个dpmd的npy文件。https://github.com/deepmodeling/dpdata/issues/103
补充说明：CP2K跑MD时，PRINT_LEVEL要设置为MEDIUM。

likejade · 发表于 Post on 2023-6-4 23:01:22

您好！目前dpdata好像只能转换cp2k 7.1版本及其以下版本的输出文件，对于8.1之后的格式不能转换。
请问您那里有转换cp2k 8.1之后版本的程序么？
谢谢！

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-6-19 18:00:41

likejade 发表于 2023-6-4 23:01
您好！目前dpdata好像只能转换cp2k 7.1版本及其以下版本的输出文件，对于8.1之后的格式不能转换。
请问您 ...

请问你解决了吗

likejade · 发表于 Post on 2023-6-19 21:21:56

Weldingspock 发表于 2023-6-19 18:00
请问你解决了吗

又一个debug版本的dpdata可以转换，不过我还没进行详细测试……

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-16 20:43:31

likejade 发表于 2023-6-19 21:21
又一个debug版本的dpdata可以转换，不过我还没进行详细测试……

好像还是不能转换……

SchrodingersCat · 发表于 Post on 2023-8-28 21:01:00

请问下CP2K跑AIMD时能用NPT_F系综吗？还是只能NVT？

SchrodingersCat · 发表于 Post on 2023-9-1 22:31:56

likejade 发表于 2023-6-19 21:21
又一个debug版本的dpdata可以转换，不过我还没进行详细测试……

请问这个debug版本在哪里呀？可以发我吗谢谢！

r1ck · 发表于 Post on 2024-3-4 16:48:22

防止输出文件过大可以设置PRINT_LEVEL SILENT

r1ck · 发表于 Post on 2024-3-4 16:48:55

防止输出文件过大可以设置PRINT_LEVEL ->SILENT

hunterpyj · 发表于 Post on 2024-3-24 18:48:07

楼主能分享一下转换脚本 trans.py 么？一直没搞定这个问题。

whutzty · 发表于 Post on 2024-10-11 17:01:05

老师您好，我想问一下输出在multiwfn中设置为输出文件是medium就可以了输出带力的out文件了么

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-11-3 14:05:44

已解决：原来就是指需要AIMD的.xyz与包含受力的.log文件。在github上有人回复是用这两个文件转化成一个dpmd的npy文件。https://github.com/deepmodeling/dpdata/issues/103
补充说明：CP2K跑MD时，PRINT_LEVEL要设置为MEDIUM。

有两点不大明白：

1.github里面提到要设置&FORCE_EVAL/&PRINT/&FORCES这个字段为ON来输出受力信息到.log文件，而看手册说明这个字段默认输出水平是HIGH。显式设置这个字段为ON的话，应该无论&GLOABL/&PRINT_LEVEL设置了什么输出水平都能产生输出的.log文件吧，那为什么补充说明又说要设置&GLOABL/&PRINT_LEVEL为MEDIUM呢，是不是还有什么重要信息是平时常用的输出水平LOW不会输出但DeePMD-kit需要用的？

2.平时用CP2K跑分子动力学的时候用&MOTION/&PRINT/&FORCES也能按一定步数间隔输出类似坐标.xyz格式的、包含各帧各原子受力分量信息的<proj>-frc-1.xyz文件，那&FORCE_EVAL/&PRINT/&FORCES输出受力信息的.log文件和<proj>-frc-1.xyz相比，有什么对DeePMD-kit很关键的区别吗？

Weldingspock · 发表于 Post on 2024-11-6 09:38:02

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-3 14:05
有两点不大明白：

1.github里面提到要设置&FORCE_EVAL/&PRINT/&FORCES这个字段为ON来输出受力信息到.l ...

没啥区别，只不过frc-1.xyz里面的格式可能更规整，更好文本处理

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-11-19 14:01:37

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-17 18:19 编辑

Weldingspock 发表于 2024-11-6 09:38
没啥区别，只不过frc-1.xyz里面的格式可能更规整，更好文本处理

今天试了一下，原来设&FORCE_EVAL/&PRINT/&FORCES输出的受力信息并非默认在我以为的另一个.log文件，而是就在CP2K的主输出文件.out里。在2024.3版上，这段信息一共6列，依次是原子序号（1开始）、原子种类（1开始，同元素原子同种类）、元素名以及X、Y、Z方向受力分量，但数据位数比-frc-1.xyz里的少。（编辑：可以调整这个字段中FILENAME设置以把受力输出到另一个文件，也可以调整这个字段中NDIGITS把输出位数从默认的8调高。）

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-17 18:22:37

Weldingspock 发表于 2024-11-6 09:38
没啥区别，只不过frc-1.xyz里面的格式可能更规整，更好文本处理

借楼问另一个小问题，用于DeePMD-kit训练的原子坐标数据对PBC是怎么考虑的？CP2K虽然输入有定义PBC以及盒子的A、B、C三个矢量，但输出的-pos-1.xyz并未把原子卷到盒子内而是可能漂移出去。有没有必要在准备训练/验证的数据集时先自行wrap处理坐标，让原子仅出现在box.raw定义的盒子内呢？

我看到dpdata是有处理PBC的相关代码，见https://github.com/deepmodeling/ ... er/dpdata/md/pbc.py，但是由于某些限制我暂时没法用dpdata准备数据集。

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