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楼主 Author: wwp
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[VASP] vasp 计算双原子分子电子能量不准确吗

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发表于 Post on 2022-7-24 15:15:18 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2022-7-24 03:56
老师,那我还有一个问题:在考虑氧气或者别的有单电子的分子吸附在固体表面上时,这个时候才用PBE这种泛 ...

当吸附足够弱的时候,应该不能用反推的办法算O2,原因是(1)吸附前后单电子的数目和位置相同,所以误差能大部分抵消;(2)吸附在表面上的O2没办法用反推算,如果单用反推的方法算自由O2,误差反倒不能抵消。
当吸附足够强,O2的单电子完全和催化剂成对了以后,需要用反推的方法算O2,因为此时吸附后的计算结果是准的,只有吸附前的结果不准。
比较麻烦的是O2吸附不强不弱的情形,尤其是只有一个单电子和表面成键、形成超氧物种的情形,这种情况下怎么处理,据我所知没有共识。不过也请其他更了解这方面的人补充一下
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-24 16:57:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-24 15:15
当吸附足够弱的时候,应该不能用反推的办法算O2,原因是(1)吸附前后单电子的数目和位置相同,所以误差 ...

好的 谢谢老师,获益匪浅。 老师您说的我还一个疑问?“O2的单电子完全和催化剂成对了以后,需要用反推的方法算O2,因为此时吸附后的计算结果是准的” 在O2和催化剂成对之后,这个时候体系还是有一个单电子存在,那此时的能量为什么是精确的呢?学生不是专门做理论计算的,对于这种基础性的原理还不是太懂,希望老师可以指教。

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发表于 Post on 2022-7-24 17:11:19 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2022-7-24 09:57
好的 谢谢老师,获益匪浅。 老师您说的我还一个疑问?“O2的单电子完全和催化剂成对了以后,需要用反推的 ...

我指的是O2同时和催化剂成两根键,变成过氧配体。如果像你说的只成一根键,变成超氧,那就是我说的最后一种情况,不管是否反推,误差都不容易抵消,这种情况不好说怎么做最好。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-24 18:03:26 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2022-7-24 10:56
老师,那我还有一个问题:在考虑氧气或者别的有单电子的分子吸附在固体表面上时,这个时候才用PBE这种泛 ...

其实吸附情况也并不那么可靠,我之前看过一些测试集,纯泛函偏差大的有些近1eV都是有可能的。那个倒推按我理解只是单纯保证了整个反应的电势不会偏离4.92V,但里面每一步甚至是“过电势”都可能因为吸附能偏差而导致偏离,真要深究甚至可能不同的泛函结果都可能是有差异的。溶剂化、电场效应、活化能垒的缺失或近似处理都被归结到这4.92V其实有些粗糙,虽然没什么特别好的办法。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-24 19:27:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-24 17:11
我指的是O2同时和催化剂成两根键,变成过氧配体。如果像你说的只成一根键,变成超氧,那就是我说的最后一 ...

好的 理解了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-24 19:29:38 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2022-7-24 18:03
其实吸附情况也并不那么可靠,我之前看过一些测试集,纯泛函偏差大的有些近1eV都是有可能的。那个倒推按 ...

嗯嗯 ,谢谢老师。所以感觉这个电催化的台阶图能量计算问题还是非常多

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发表于 Post on 2022-7-25 08:50:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-24 14:53
原则上可以用HSE算,但是一方面好像不常见,另一方面即使HSE的计算量也比较可观。所以如果PBE的能量不能 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-7-25 10:08:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ghifi37 于 2022-7-25 10:09 编辑
wzkchem5 发表于 2022-7-23 20:24
错了,两个自旋电子都向下的态和你画的这个态之间的Hamiltonian矩阵元精确为0(因为两者的Sz量子数不同) ...

请教下,对于杂化泛函降低自相互作用误差的原因,主要在于引入的HF吗?我用下来,感觉meta-GGA比GGA强不少,但动能项不应该对自相互作用产生抵消作用啊!

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发表于 Post on 2022-7-25 13:58:06 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2022-7-25 03:08
请教下,对于杂化泛函降低自相互作用误差的原因,主要在于引入的HF吗?我用下来,感觉meta-GGA比GGA强不 ...

动能项对自相互作用误差有一定的降低作用,但是没办法完全消除,或者说(仅从表达式的复杂度,而不是计算量看的话)不是消除自相互作用误差的最佳方法。但是一旦考虑计算量就不一样了,假如杂化泛函算不动,诸如SCAN之类的泛函还是有一些价值的。不过我没怎么关注近几年算周期性体系的文献,不知道SCAN用得多不多
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-25 15:03:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-25 13:58
动能项对自相互作用误差有一定的降低作用,但是没办法完全消除,或者说(仅从表达式的复杂度,而不是计算 ...

感谢解答!感觉SCAN用得不多,我也是19年在杜克大学听孙建伟他们宣讲后试了SCAN,但感觉不好收敛,即使加密网格也不好收,精度也没那么高,就转VDW-DF了。

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发表于 Post on 2022-7-25 15:07:11 | 只看该作者 Only view this author
ghifi37 发表于 2022-7-25 08:03
感谢解答!感觉SCAN用得不多,我也是19年在杜克大学听孙建伟他们宣讲后试了SCAN,但感觉不好收敛,即使加 ...

后来的regularized的版本,比如r2SCAN,解决了对格点敏感的问题,不过这个泛函很新,估计暂时也还没用起来
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-7-25 15:53:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-7-25 15:07
后来的regularized的版本,比如r2SCAN,解决了对格点敏感的问题,不过这个泛函很新,估计暂时也还没用起 ...

QE已经支持R2SCAN了,等我试试有没好收敛点

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发表于 Post on 2022-8-29 20:56:54 | 只看该作者 Only view this author
看到这个问题了,忽然想到合成氨反应中,vasp计算的能量差也超过1eV,需要反推氮气能量吗?

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发表于 Post on 2024-3-12 14:50:10 | 只看该作者 Only view this author
你好,想请教一个问题,我计算台阶图时,slab能量用的材料吸附H2O的,然后每一步减去这个个能量,整理后台阶图每一步能量都超过10eV,跟文章出入很大

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发表于 Post on 2024-3-12 16:52:58 | 只看该作者 Only view this author
13314875806 发表于 2024-3-12 07:50
你好,想请教一个问题,我计算台阶图时,slab能量用的材料吸附H2O的,然后每一步减去这个个能量,整理后台 ...

差这么多的话,不是计算不准确的问题,而应该是计算哪里搞错了,例如该减的什么数没有减,或者反应没有配平(尤其是氢原子数没有配平),等等
Zikuan Wang
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