PSI4 SAPT2+运算报错

Luckynan

我用PSI4计算的时候出现了以下的报错内容，想请教一下原因是什么呢？我该如何改正？

输入文件内容如下：
memory 10 GB

molecule dimer {
0 1
C      1.40580462   -2.29925261    0.18681041
C      0.85487624   -2.29857730   -1.10352269
H      1.50079756   -2.29918989   -1.97409571
C     -0.51542432   -2.29843867   -1.26759133
C     -1.40579472   -2.29925137   -0.18664273
C     -0.85486609   -2.29862913    1.10368813
H     -1.50078564   -2.29928339    1.97426251
C      0.51543548   -2.29848987    1.26775704
F      1.01293292   -2.29849081    2.51591912
F     -1.01292310   -2.29838772   -2.51575279
--
0 1
C     11.55892983    3.93659997    0.44608777
C     12.33036114    4.80372839   -0.31170753
H     12.35876875    4.71815978   -1.39524290
C     13.07046574    5.78715526    0.34595943
H     13.68155826    6.47648213   -0.22943009
C     13.03425737    5.89103493    1.73890443
H     13.61825098    6.66085225    2.23512320
C     12.25742586    5.01708638    2.49816591
H     12.23302925    5.10235793    3.58133434
C     11.51808110    4.03728511    1.84122711
C     10.61701846    2.99585171    2.35773989
C     10.22642352    2.69484500    3.65892131
H     10.61185146    3.26184438    4.50215907
C      9.31909325    1.65549967    3.86132637
H      8.99495985    1.41260842    4.86951288
C      8.81592940    0.93011549    2.78011621
H      8.09914310    0.13268715    2.94874220
C      9.21737046    1.22433246    1.47657158
H      8.82321077    0.65172744    0.64141395
C     10.11694908    2.25916615    1.27459828
C     10.68985764    2.77739284   -0.03673916
C      9.65596389    3.18983639   -1.07437407
C      8.58679031    4.05949135   -0.92462161
H      8.39253378    4.53696797    0.03228060
C      7.76474076    4.30397528   -2.02561988
H      6.91978614    4.97922738   -1.92664677
C      8.01597496    3.68743255   -3.25446194
H      7.36451601    3.88952426   -4.09978312
C      9.09226650    2.81437226   -3.40481371
H      9.28267045    2.33378249   -4.36093329
C      9.91024673    2.56992431   -2.30525973
C     11.07949328    1.69377608   -2.14867425
C     11.74951323    0.87347751   -3.05034914
H     11.44968140    0.82131837   -4.09343329
C     12.81083556    0.09889733   -2.59412584
H     13.32622489   -0.55077634   -3.29310089
C     13.21132781    0.12903120   -1.25107828
C     12.56379536    0.99385262   -0.36446440
H     12.86112000    1.05785503    0.67544245
C     11.50966285    1.76253739   -0.82060316
}

set {
    scf_type DF
    freeze_core True
    basis aug-cc-pVDZ
    soscf true
    soscf_max_iter 30
}

energy('sapt2+')

zjxitcc

（1）报错内容没有（正确地）展示出来；（2）10GB内存太少了，少说100GB。

Luckynan

非常抱歉，下面是报错内容，非常感谢
--> dimer = geometry("""
    0 1
    C      1.40580462   -2.29925261    0.18681041
    C      0.85487624   -2.29857730   -1.10352269
    H      1.50079756   -2.29918989   -1.97409571
    C     -0.51542432   -2.29843867   -1.26759133

!----------------------------------------------------------------------------------!
!                                                                                  !
!  Inconsistent or unspecified chg/mult: sys chg: None, frag chg: [0.0, 0.0], sys  !
!     mult: None, frag mult: [1, 1]                                                !
!                                                                                  !
!----------------------------------------------------------------------------------!

zjxitcc

Luckynan 发表于 2022-7-25 16:11
非常抱歉，下面是报错内容，非常感谢
--> dimer = geometry("""
    0 1

（1）想回复他人，应该在对应楼层点击“回复”，否则别人不会收到回复消息；
（2）你的两个片段结构有问题，结构似乎都少了（>=1个）氢原子。

Luckynan

zjxitcc 发表于 2022-7-25 17:21
（1）想回复他人，应该在对应楼层点击“回复”，否则别人不会收到回复消息；
（2）你的两个片段结构有问 ...

好的，因为这两个片段都是在一个化合物上截取出来的，因此看起来少氢。我是想分析一个化合物上的两个结构之间的SAPT分析，该如何修改输入文件呢？

zjxitcc

Luckynan 发表于 2022-7-26 10:50
好的，因为这两个片段都是在一个化合物上截取出来的，因此看起来少氢。我是想分析一个化合物上的两个结构 ...

少氢的方式太离谱了，片段2含奇数个电子，不可能是单重态。能量分解有很多种方法，但无论做哪种，大前提都是片段的几何结构、电荷和自旋多重度要合理设置，不能随意切键、指认，即使程序不报错，算出来也未必合理。

你当前的目的适合F-SAPT或I-SAPT，见https://psicode.org/psi4manual/master/fisapt.html
又或GKS-EDA（划分成3个片段），见《GKS-EDA计算简介》。

星斗如盘

zjxitcc 发表于 2022-7-24 22:06
（1）报错内容没有（正确地）展示出来；（2）10GB内存太少了，少说100GB。

请教一下，PSI4的memory指的是运行内存，还是硬盘容量？

zjxitcc

星斗如盘 发表于 2022-9-25 17:59
请教一下，PSI4的memory指的是运行内存，还是硬盘容量？

所有量化程序都遵从memory内存，disk硬盘

星斗如盘

zjxitcc 发表于 2022-9-25 18:01
所有量化程序都遵从memory内存，disk硬盘

谢谢，大体系只能用超算了，请问100个原子级别，使用PSI4进行EDA时，一般推荐什么级别进行计算呢？（如果超算性能够的话）

zjxitcc

星斗如盘 发表于 2022-9-25 18:04
谢谢，大体系只能用超算了，请问100个原子级别，使用PSI4进行EDA时，一般推荐什么级别进行计算呢？（如果 ...

《使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算》http://sobereva.com/526

fy_111

zjxitcc 发表于 2022-7-26 10:59
少氢的方式太离谱了，片段2含奇数个电子，不可能是单重态。能量分解有很多种方法，但无论做哪种，大前提 ...

老师您好，看到您关于片段划分的回复，我意识到我最近在使用PSI的F/I-SAPT时一直报错的原因可能和片段划分不合理有关，特此想请老师帮忙看一下我重新划分的片段（如图：黄、绿、灰三个片段，分别在红色虚线处断键）及电荷及自旋多重度的设置（三个片段分别为：0 1，0 1，0 1）是否合理，谢谢老师！

zjxitcc

fy_111 发表于 2025-7-17 16:36
老师您好，看到您关于片段划分的回复，我意识到我最近在使用PSI的F/I-SAPT时一直报错的原因可能和片段划 ...

这个划分片段的方式看起来有点粗暴，连共轭环都切了，建议到PSI4官方论坛提问https://forum.psicode.org/。如果有其他手段可以研究你的问题，应当优先选择其他更恰当的手段，否则结果变成“你敢算、审稿人不敢信”，那最后也是白忙活。

fy_111

zjxitcc 发表于 2025-7-17 18:39
这个划分片段的方式看起来有点粗暴，连共轭环都切了，建议到PSI4官方论坛提问https://forum.psicode.org/ ...

老师，那采用“使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 ”这个方法是不是更合理呢？基于分子已经优化好的电子结构去分析，不存在额外的片段计算。

zjxitcc

fy_111 发表于 2025-7-17 18:58
老师，那采用“使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442 ”这个方法是不是更 ...

不合理。这个问题不在于使用哪种EDA方法，而在于你这么划分是否合理，是否能研究你的问题。打个不太恰当的比方，你要用电锯割小麦，我说用电锯不合适，你反过来问我你该用哪个牌子的电锯。

fy_111

zjxitcc 发表于 2025-7-17 19:59
不合理。这个问题不在于使用哪种EDA方法，而在于你这么划分是否合理，是否能研究你的问题。打个不太恰当 ...

谢谢老师的解答！老师的意思是对于这种多环芳烃的结构难以直接划分出分子片段，不适合通过能量分解去量化分子片段的相互作用，不知道我的理解是否有误？
那我是否可以采用其他方法间接量化作用力的强弱，比如AIM临界点电子密度。
注：这两个片段间同时存在静电引力（羰基和胺）和立体排斥（原子距离小于范德华半径和）相互作用