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[其它程序] CALYPSO软件介绍以及地址

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软件地址: http://www.calypso.cn/

目前使用CALYPSO发表的SCI论文已高达260多篇,其中包括 Nature Chem, Nature Commun, PRL等
CALYPSO (Crystal structure AnaLYsis by Particle Swarm Optimization) is an efficient structure prediction method and its same-name computer software. The approach requires only chemical compositions for a given compound to predict stable or metastable structures at given external conditions (e.g., pressure), thus the CALYPSO package can be used to predict/determine the crystal structure and design the multi-functional materials (e.g., superhard). The CALYPSO package is protected by the Copyright Protection Center of China with the registration No. 2010SR028200 and classification No. 61000-7500.


WHAT IS THE FEATURE?

Predictions of the energetically stable/metastable structures at given chemical compositions and external conditions (e.g., pressure) for clusters, 2D layers, surfaces, and 3D crystals.
Design of novel functional materials, e.g., superhard materials.
Options for the structural evolutions using global or local PSO.
Structure searches with automatic variation of chemical compositions.
Structure predictions with fixed cell parameters, or fixed space groups, or fixed molecules.
CALYPSO is currently interfaced with VASP, CASTEP, Quantum Espresso, GULP, SIESTA and CP2K codes. The interface with other total energy codes can also be implemented by users' request.

Major Techniques Employed

The success of CALYPSO method is on account of the integration of several major techniques:
Structural evolution through PSO algorithm. PSO is best-known for its ability to conquer large barriers of energy landscapes by making use of the swarm intelligence and by self-improving structures. Both global and local PSO algorithms have been implemented. The global PSO has the advantage of fast convergence, while local PSO is good at avoiding premature convergence and thus enhance the capability of CALYPSO in dealing with more complex systems.
Symmetry constraints during structure generation to reduce searching space and enhance the structural diversity.
Structural characterization techniques to eliminate similar structures, define nonflying areas, enhance searching efficiency, and divide energy surfaces for local PSO searching.
(i)        bond characterization matrix technique
(ii)        atom-centered symmetrical function technique
Introducing new structures per generation with controllable percentage to enhance structural diversity.
Interface to a number of local structural optimization codes varying from highly accurate DFT methods to fast semiempirical approaches that can deal with large systems. Local structural optimization enables the reduction of noise of energy surfaces and the generation of physically justified structures.

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发表于 Post on 2016-4-25 21:30:23 | 只看该作者 Only view this author
马琰铭组现在搞一篇JACS越来越容易了,随随便便的算一个结构,与预期吻合就可以见刊了。
感觉你的这些文字都是在维基上扒下来的,感觉挺简略

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-26 09:42:40 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-4-25 21:30
马琰铭组现在搞一篇JACS越来越容易了,随随便便的算一个结构,与预期吻合就可以见刊了。
感觉你的这些文字 ...

官网复制部分内容过来的

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发表于 Post on 2016-4-26 09:58:50 | 只看该作者 Only view this author
jiewei 发表于 2016-4-26 09:42
官网复制部分内容过来的

看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

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发表于 Post on 2016-4-26 10:06:18 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-4-26 09:58
看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

不一类的。就像GRRM接高斯等程序做全路径搜索,CALYPSO接VASP等程序做晶体结构预测。GRRM、CALYPSO这样的程序实现搜索算法,而高斯、VASP之类程序提供这些算法所需要的能量、受力、Hessian。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2016-4-26 10:17:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-26 10:06
不一类的。就像GRRM接高斯等程序做全路径搜索,CALYPSO接VASP等程序做晶体结构预测。GRRM、CALYPSO这样的 ...

哦,那就应该说CALYPSO要做第一性原理的Multiwfn

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发表于 Post on 2016-4-26 10:25:06 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-4-26 10:17
哦,那就应该说CALYPSO要做第一性原理的Multiwfn

也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序,比如LOBSTER
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-4-26 10:31:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-26 10:25
也不一样。第一性原理也有很多专门的波函数分析程序,比如LOBSTER

娃娃才疏学浅,不及老师万分之一

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发表于 Post on 2016-4-27 20:06:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 物理小笨 于 2016-4-27 20:09 编辑
我本是个娃娃 发表于 2016-4-26 09:58
看来CALYPSO大有赶超VASP的趋势

calypso是结构预测软件,是用来进行结构预测的。它和vasp的关系,说的简单一点,就是为了生成能量最低最合理的一系列vasp的初始结构POSCAR文件,然后在进行相关的计算。当然,calypso不止能和vasp连用,还可以和gaussain、SIESTA、GULP、PWSCF、CASTEP、CP2K、DFTB+、LAMMPS等联合使用,是一款比较强大的结构预测软件。目前马琰铭课题组的相当一部分精英还在从事calypso的开发,而且用户也在逐年上升,vasp的官网上都有相关的链接和介绍,估计有望和世界上主流的结构预测软件拼一拼!

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发表于 Post on 2016-4-27 20:12:48 | 只看该作者 Only view this author
物理小笨 发表于 2016-4-27 20:06
calypso是结构预测软件,是用来进行结构预测的。它和vasp的关系,说的简单一点,就是为了生成能量最低最 ...

吉林大学只有于吉红和马琰铭能撑场面了

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发表于 Post on 2016-4-27 20:18:15 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-4-27 20:12
吉林大学只有于吉红和马琰铭能撑场面了

差不多吧!有一些老院士,不过基本告别科研一线了。于吉红已经评上院士了,就等着马琰铭能早日评上院士了。不过说来也奇怪,正常马琰铭的水平和文章早都够院士水平了,不过一直没有参评,也不知为啥。

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发表于 Post on 2016-4-28 18:29:37 | 只看该作者 Only view this author
物理小笨 发表于 2016-4-27 20:18
差不多吧!有一些老院士,不过基本告别科研一线了。于吉红已经评上院士了,就等着马琰铭能早日评上院士了 ...

马琰铭现在是长江,离院士只有一步之遥了。估计过了45就可以直接晋升院士了

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发表于 Post on 2016-4-28 23:52:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wxy 于 2016-4-29 11:13 编辑

看起来似能做构象搜索,不清楚能否用于小分子有机物?

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发表于 Post on 2016-5-4 19:46:03 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-4-28 18:29
马琰铭现在是长江,离院士只有一步之遥了。估计过了45就可以直接晋升院士了

你说的真轻松啊!

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发表于 Post on 2016-5-5 10:03:17 | 只看该作者 Only view this author
物理小笨 发表于 2016-5-4 19:46
你说的真轻松啊!

你看看一些水院士,有几个可以和马琰铭掰手腕的?

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