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[Material Studio] 分子动力学模拟-如何证明材料一维生长

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老师们好!我通过分子动力学模拟了有机小分子盐在有机溶剂内的聚集过程,理论上有机小分子盐会进行一维生长,生成纤维状。但是通过观察分子动力学模拟后的快照,一维生长的特点不是很明显。我想请问一下,有没有合适的统计方法或者什么方法能定量的描述出有机小分子盐的一维生长特性。谢谢解答!

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公社社长

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发表于 Post on 2022-7-27 17:08:49 | 只看该作者 Only view this author
先确保你模拟的时间长度足够长
晶体生长从微观尺度来说往往是很慢的过程。由于M$动力学模块速度极慢,很多用M$的人跑的时间尺度都明显太短(尤其是相对于用速度快一两个数量级的GROMACS用户而言)

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chands + 1 M$-所谓春秋笔法一字褒贬也

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发表于 Post on 2022-7-27 19:53:29 | 只看该作者 Only view this author
MS里面带的MD模块所能研究的时间尺度和空间尺度都挺拉跨的,你先确定一下你所研究问题的特征时间和特征尺度,在看选啥软件,和选啥力场。
信息不灭,熵永增

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发表于 Post on 2022-7-27 20:31:33 | 只看该作者 Only view this author
首先确认实验上纤维有多宽。如果比如说纤维有100nm宽,但是你的周期性盒子只有10nm宽,那肯定算不出纤维。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2022-7-27 21:00:34 | 只看该作者 Only view this author
我的师兄模拟一个两步成核的体系,是先形成聚集体,再重拍成fiber。聚集体通常100个ns内就形成了,而fiber根据温度和体系大小,形成的时间需要3000ns-15μs不等

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