计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1509|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[并行运算] 求助:关于mpirun中-np的设置

[复制链接 Copy URL]

153

帖子

0

威望

454

eV
积分
607

Level 4 (黑子)

极天的流星雨

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师同学好,问题是这样的,我打算在超算上并行运算一个vasp任务(该超算一个计算节点32核),但一个节点用满32任务的话算完一个离子步会爆内存(800原子的AIMD)
按组里师兄的意见是打算降低每个节点的任务数量。
该超算使用的slurm调度系统,如果我设置ntasks per node那一项(小于32),则会和其他用户共享某个计算节点。但我不太了解如何设置mpirun的-np选项。比如我打算在4个节点上运行该计算,每个节点使用8个任务,那么-np是8还是32呢?
谢谢!
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

2301

帖子

1

威望

5473

eV
积分
7794

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-7-27 13:00:18 | 只看该作者 Only view this author
如果你的集群有使用手册的话,
仔细看看手册.

如果么有手册的话,

看看这个, https://gitee.com/hpc4you/hpc
PDF文档, hpc4you-toolkit-manual-pub-v2.pdf

最后部分, slurm技能自我修养部分.
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

54

帖子

0

威望

683

eV
积分
737

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2022-9-2 00:10:47 | 只看该作者 Only view this author
可以看一下slurm手册中关于--exclusive关键词的解释,可能能解决第一个问题。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 15:26 , Processed in 0.251003 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list