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[波函数分析求助] 请问手性的AICD图要怎么绘制

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楼主
疑问如题,请问各位老师同学,手性化合物(原子较多,分子结构较为复杂)的AICD图怎么绘制?我绘制得到的图形根本看不清电流流向和磁场方向,单视角的也很难辨认,请问需要调整什么参数吗?

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发表于 Post on 2022-7-28 20:23:36 | 只看该作者 Only view this author
甭同时绘制多视角的,明显都叠加到一起去了
绘制单视角的,如果一个视角看不全面,再绘制额外一两个视角,自己ps到一起
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-28 21:47:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-28 20:23
甭同时绘制多视角的,明显都叠加到一起去了
绘制单视角的,如果一个视角看不全面,再绘制额外一两个视角, ...

好的老师,我试一下您说的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-28 21:54:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-28 20:23
甭同时绘制多视角的,明显都叠加到一起去了
绘制单视角的,如果一个视角看不全面,再绘制额外一两个视角, ...

老师,AICD图已经绘制出来了,但是电流箭头过于疏散,请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

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发表于 Post on 2022-7-29 01:40:15 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-7-28 21:54
老师,AICD图已经绘制出来了,但是电流箭头过于疏散,请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

增加格点数(减小格点间距)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-29 12:13:44 | 只看该作者 Only view this author
Jianggggg-rj 发表于 2022-7-28 21:54
老师,AICD图已经绘制出来了,但是电流箭头过于疏散,请问需要调整什么参数使电流箭头明显一点

-p x #x越大箭头越多越明显,“x为格点总数目,越大图像越精细,cube文件也会越大,分析耗时也越长”使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147

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发表于 Post on 2022-7-29 13:02:58 | 只看该作者 Only view this author
调整最终图片的位置的参数也介绍得非常具体(看上面链接的帖子最后的文字)。不用 ps ,可以直接导出各个朝向的图。通过调整各个朝向之间的距离就行,根据帖子的解释也容易完成的。

你的分子比较大,所以需要将 -p 的数值增大,估计至少 160000
箭头的长度也可以 –maxarrowlength 1.5 来限制。

如果分子的朝向不是很合适,你可以通过 -a 参数选择三个原子编号来慢慢调整(AICD 3.0.4 的新功能)。这个参数的结果真的只能自己慢慢摸索,我摸索了一下午,还好不是很难摸索。

另外,对于手性分子,有可能存在导出的图里分子手性改变的情况(我遇到过……)。可以通过改变 -b 的方向进行调整。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-29 14:22:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-29 01:40
增加格点数(减小格点间距)

收到,感谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-29 14:28:59 | 只看该作者 Only view this author
QuantumicGuy 发表于 2022-7-29 12:13
-p x #x越大箭头越多越明显,“x为格点总数目,越大图像越精细,cube文件也会越大,分析耗时也越长”使用 ...

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