GROMACS直接使用charmm36力场模拟蛋白，审稿人要求给出力场验证

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-7-29 19:28:43

第一次投文章，使用charmm36力场做了关于酶和氧化石墨烯界面的模拟，但是审稿人说没有给出力场的验证，但我也是沿用之前师兄做过的办法，应该怎么去回答呢，恳请老师们不吝赐教，谢谢！
意见如下：

In this simulation method, no force fieldvalidation is given, which is important to demonstrate this simulation isreliable.

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-7-29 20:01:29

氧化石墨烯的力场参数哪来的

蛋白里部分力场验证原文里不就有么

lyj714 · 发表于 Post on 2022-7-29 20:12:38

本帖最后由 lyj714 于 2022-7-29 20:14 编辑

怎么做的都是有文献依据的，你不可能凭空做这些东西。文献一摆不就行了，你如果自己瞎做不放任何相关的参考文献（特别是参数这一块），那肯定会被怀疑。类似的体系别人肯定有做过

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-7-29 21:18:07

lyj714 发表于 2022-7-29 20:12
怎么做的都是有文献依据的，你不可能凭空做这些东西。文献一摆不就行了，你如果自己瞎做不放任何相关的参考 ...

感谢回复！
我在文中对相关工作确实有引用的，但是可能没放在描述模拟力场的那一块，参数的获取也作了引用，我想的也是再多找几篇相关文献来回复

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-7-29 21:19:49

喵星大佬发表于 2022-7-29 20:01
氧化石墨烯的力场参数哪来的

蛋白里部分力场验证原文里不就有么

我理解的是他是不是想让我证明charmm力场对于我模拟体系的可靠性，质疑我为什么没用其他的力场来对比？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-30 02:02:24

CHARMM是面向生物分子的力场，本身对氧化石墨烯就不是专门适用的，只能看实际使用时是否表观上合理。多搜相关文章塞给审稿人是最好的证明方式。

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-7-30 09:18:09

sobereva 发表于 2022-7-30 02:02
CHARMM是面向生物分子的力场，本身对氧化石墨烯就不是专门适用的，只能看实际使用时是否表观上合理。多搜相 ...

好的，谢谢sob老师！

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