NVT模拟后盒子里的水分子变得很奇怪

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-7-30 16:14:45

本帖最后由 YANG_yang 于 2022-7-30 16:14 编辑

大家好，我是用GROMACS模拟蛋白质与脂质分子膜的接触情况，使用的是MARTINI2粗粒化力场，并且使用的是极性水模型，在运行NVT模拟后结果如下图所示。
不知道是什么原因导致这种情况，请大家指教！

wyfgg · 发表于 Post on 2022-7-30 17:19:09

为什么要用NVT而不直接用NPT呢？

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-7-30 18:14:04

wyfgg 发表于 2022-7-30 17:19
为什么要用NVT而不直接用NPT呢？

我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

wyfgg · 发表于 Post on 2022-7-30 18:34:17

YANG_yang 发表于 2022-7-30 18:14
我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

我记得社长说过某些体系不需要NVT，我得找一找那个帖子

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-7-31 02:02:55

lipid-protein体系直接x-y和z分别控压跑npt就行

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-31 03:57:44

YANG_yang 发表于 2022-7-30 18:14
我刚接触分子动力学模拟，不是很懂，那么就是可以跳过NVT控温，直接进行NPT？

之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用控压自发调节盒子尺寸，自然会跑出来真空区

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-7-31 11:21:27

CruiseBend 发表于 2022-7-31 02:02
lipid-protein体系直接x-y和z分别控压跑npt就行

是semi- 那个吗？

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-7-31 11:22:49

sobereva 发表于 2022-7-31 03:57
之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用 ...

我又试了一下直接进行NPT，但结果还是如此，要是密度太低的话，请问该怎么增大它的密度呢？

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-7-31 11:23:59

wyfgg 发表于 2022-7-30 18:34
我记得社长说过某些体系不需要NVT，我得找一找那个帖子

那个帖子我好像看到了，

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-7-31 22:26:43

sobereva 发表于 2022-7-31 03:57
之前我无数次说过，大多数教程里先做NVT再做NPT纯粹是多余的。直接NPT就完了
当前体系密度太低，又没用 ...

老师您好，有时候我直接做npt的时候，会提示系统可能没有平衡，然后我把温、压的偶联Tau_t值设置大一点就可以跑了，是不是由于变化的太快所以才报错呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-31 22:27:55

YANG_yang 发表于 2022-7-31 11:22
我又试了一下直接进行NPT，但结果还是如此，要是密度太低的话，请问该怎么增大它的密度呢？

NPT不可能这样，肯定没弄对
NPT情况下Z方向真空区会一点点消除掉

YANG_yang · 发表于 Post on 2022-8-1 10:09:06

sobereva 发表于 2022-7-31 22:27
NPT不可能这样，肯定没弄对
NPT情况下Z方向真空区会一点点消除掉

好的，谢谢老师，我再调整一下

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[GROMACS] NVT模拟后盒子里的水分子变得很奇怪